计算化学公社

标题: 基于TINKER程序MD模拟计算出的pressure值讨论 [打印本页]

作者
Author: jackie 时间: 2018-4-18 16:46
标题: 基于TINKER程序MD模拟计算出的pressure值讨论
使用TINKER程序对一个中性体系ala10在NPT系综下进行10ns的气相MD模拟，温度设为298k，压强设为1atm。从计算出的结果可以看出，温度基本可以保持在298k附近上下波动变化，但是输出的压强值并不是在1atm左右变化，而是呈现正负几十甚至是几百波动（文件已上传，由于文件太大，删除中间的输出细节内容），请问这是什么原因？

作者
Author: wbn 时间: 2018-4-19 01:05
NPT 模拟压强波动几百bar是正常的
http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-19 05:19
很正常。凝聚相体系的可压缩率非常低，盒子一丁点的变化都会造成压力非常大的波动，而且体系里原子数越少波动会越明显。只要对压力曲线做平均化，平均曲线和自己设的相差不是很远就可以。

作者
Author: jackie 时间: 2018-4-19 08:55

sobereva 发表于 2018-4-19 05:19
很正常。凝聚相体系的可压缩率非常低，盒子一丁点的变化都会造成压力非常大的波动，而且体系里原子数越少波 ...

凝聚相是这样，但是模拟在气相条件下也出现很大的波动，这也是正常的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-20 03:15
体系就是个小肽？这怎么控压？
气相下都没必要用盒子

作者
Author: jackie 时间: 2018-4-20 08:33

sobereva 发表于 2018-4-20 03:15
体系就是个小肽？这怎么控压？
气相下都没必要用盒子

对是个小肽。那老师您意思是说气相做NPT系综是没有意义的吗

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-20 08:42

jackie 发表于 2018-4-20 08:33
对是个小肽。那老师您意思是说气相做NPT系综是没有意义的吗

没意义

作者
Author: jackie 时间: 2018-4-20 09:35

sobereva 发表于 2018-4-20 08:42
没意义

那如果针对小肽分子在气相中进行MD模拟使用什么条件得出结果才算有意义？关于气相中做MD模拟老师您有没有什么参考文献呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-4-20 11:51

jackie 发表于 2018-4-20 09:35
那如果针对小肽分子在气相中进行MD模拟使用什么条件得出结果才算有意义？关于气相中做MD模拟老师您有没 ...

就设个控温就够了。控压和盒子都没必要
不需要引用任何文献

作者
Author: jackie 时间: 2018-4-20 14:31

sobereva 发表于 2018-4-20 11:51
就设个控温就够了。控压和盒子都没必要
不需要引用任何文献

好的谢谢你sob老师

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