计算化学公社

标题: 请问怎么输出每一帧结构中第一配位层的水分子序号？ [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2018-3-25 22:36
标题: 请问怎么输出每一帧结构中第一配位层的水分子序号？
请问各位老师，在gromacs中或者在其他分析程序中，怎么输出每一帧结构中距离小于3埃以内的水分子O原子序号？用什么分析功能或者vmd的脚本，谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-27 07:27
就写个脚本就行，循环每一帧，每一次循环的时候用atomselect语句选择这种方式定义的配位层的原子，然后$sel list就可以把序号导出来，指定往某个文件里输出即可

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