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标题: 关于径向分布问题 [打印本页]

作者
Author: caijingtao1993 时间: 2018-3-14 19:54
标题: 关于径向分布问题
各位社友，请教一下，如下图，我计算各种添加剂与溶质分子的径向分布，其中有两种在0.2nm内就出现2的峰强度，这是为啥，而像黑色的红的曲线很符合，我是按照分子的质心来计算的！这个怎么解释

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-14 21:29
应该是rdf计算设定上哪里出了严重问题。如果真出现那么近的接触，模拟早就崩了。仔细检查，还不行换个rdf计算工具再看看。

作者
Author: caijingtao1993 时间: 2018-3-15 19:28

sobereva 发表于 2018-3-14 21:29
应该是rdf计算设定上哪里出了严重问题。如果真出现那么近的接触，模拟早就崩了。仔细检查，还不行换个rdf计 ...

社长，我的指令是：gmx rdf -f urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8.trr -s urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8.tpr -n urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8-rdf.ndx -b 40000 -e 60000 -rdf mol_com -o urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8-sar-280-mol-rdf-40ns.xvg -cn urea520-sol-prmd-100ns-sar-40-xin-8-sar-280-mol-rdf_cn-40ns.xvg
在索引文件中我选中的是熔液层中的一个海藻糖分子，另一个组是所有溶液层中的溶质分子。

作者
Author: caijingtao1993 时间: 2018-3-15 19:30

sobereva 发表于 2018-3-14 21:29
应该是rdf计算设定上哪里出了严重问题。如果真出现那么近的接触，模拟早就崩了。仔细检查，还不行换个rdf计 ...

试过多个溶液中的海藻糖分子与溶质分子的径向，结果都差不多

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