计算化学公社

标题: 绘图求助：用什么软件可以将两点坐标自动连成线并能设置线的粗细？ [打印本页]

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-6 14:09
标题: 绘图求助：用什么软件可以将两点坐标自动连成线并能设置线的粗细？
请教公社各位是否有绘制过类似上传的两张图中的图？用途是用来说明动力学模拟中分子之间的连接性，绘制原理根据确定分子的质心坐标，然后连成线，我想求助有什么软件能够实现两个坐标之间连线并能设置线的粗细？非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-6 14:46
VMD里自己写个脚本就可以实现，也就几十行。现成的工具没听说过

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-3-6 15:57

sobereva 发表于 2018-3-6 14:46
VMD里自己写个脚本就可以实现，也就几十行。现成的工具没听说过

可以用vmd里面的dynamic bonds，只选中想要连线的原子，然后调节成键的判断条件

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-6 17:45

sobereva 发表于 2018-3-6 14:46
VMD里自己写个脚本就可以实现，也就几十行。现成的工具没听说过

谢谢sob老师指点。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-6 17:46

fhh2626 发表于 2018-3-6 15:57
可以用vmd里面的dynamic bonds，只选中想要连线的原子，然后调节成键的判断条件

谢谢指点。但是我想要连线的原子很多，所以手动起来很麻烦。没用过这个选项，我待会试下。先请问你这个可以设置序号吗？

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-3-6 18:23

guoy14iccas 发表于 2018-3-6 17:46
谢谢指点。但是我想要连线的原子很多，所以手动起来很麻烦。没用过这个选项，我待会试下。先请问你这个可 ...

原子类型应该就那么几种，或者原子名称相同，总有规律的，并不是手动输入序号

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-6 18:26

fhh2626 发表于 2018-3-6 15:57
可以用vmd里面的dynamic bonds，只选中想要连线的原子，然后调节成键的判断条件

连线貌似是对质心连线
团簇数目太多，如果自己一个个点怕会累死，而且也不好考察随随时间的变化

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-6 18:29
你可以上传个图5那样的结构文件，如果谁（或我）有空说不定就帮你把脚本顺手写了

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-3-6 18:54

sobereva 发表于 2018-3-6 18:26
连线貌似是对质心连线
团簇数目太多，如果自己一个个点怕会累死，而且也不好考察随随时间的变化

质心的话就比较麻烦了
如果是原子的话比较简单（偷懒的话选个看起来在分子中心的原子，连起来也行。。）
(, 下载次数 Times of downloads: 104)

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-7 10:27

sobereva 发表于 2018-3-6 18:29
你可以上传个图5那样的结构文件，如果谁（或我）有空说不定就帮你把脚本顺手写了

感谢sob老师的提议。我上传了一个结构文件(snapshot-1.gro)，一个包含两个残基之间质心的距离及坐标文件（test.dat）。希望经验丰富的老师，看到此贴子，如果您有时间有兴趣的话能实现绘制此图的方法。期待回复。非常感谢！

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-7 10:28

fhh2626 发表于 2018-3-6 18:54
质心的话就比较麻烦了
如果是原子的话比较简单（偷懒的话选个看起来在分子中心的原子，连起来也行。。） ...

恩恩，谢谢指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-7 19:12
脚本放在这里了
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-7 19:38

sobereva 发表于 2018-3-7 19:12
脚本放在这里了
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

感谢sob老师！

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-13 14:51

sobereva 发表于 2018-3-7 19:12
脚本放在这里了
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

sob老师，再向您请教个问题，这个怎么把盒子周期性考虑进去呢？盒子两边的分子也有可能是小于设定距离的？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-13 22:40

guoy14iccas 发表于 2018-3-13 14:51
sob老师，再向您请教个问题，这个怎么把盒子周期性考虑进去呢？盒子两边的分子也有可能是小于设定距离的 ...

没有简单办法。除非修改脚本，在判断时候把周期镜像位置也考虑进去。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-14 08:12

sobereva 发表于 2018-3-13 22:40
没有简单办法。除非修改脚本，在判断时候把周期镜像位置也考虑进去。

恩恩，请您再指点一下，周期镜像具体用 pbc wrap 进行加吗？谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-14 12:16
不是用这个
我是指使用诸如genconf之类，把体系平移复制成超胞，这样中心盒子边缘的分子也能与周期镜像中的分子进行连接

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-20 09:56

sobereva 发表于 2018-3-13 22:40
没有简单办法。除非修改脚本，在判断时候把周期镜像位置也考虑进去。

sob老师。如图一中盒子边缘的分子可以有朝外的连线。是否可以用VMD某种显示方式让边缘A-B分子直接显示连线。显示在盒子外不显示在盒子内。经验不足，请您再指点一下。非常感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-20 11:58

guoy14iccas 发表于 2018-3-20 09:56
sob老师。如图一中盒子边缘的分子可以有朝外的连线。是否可以用VMD某种显示方式让边缘A-B分子直接显示连 ...

用gmx genconf在上下左右都平移复制一次，然后恰当使用连线脚本（可能需要修改），以及恰当设定显示方式和选取，加上适当ps，能得到图中效果

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2018-3-20 14:35

sobereva 发表于 2018-3-20 11:58
用gmx genconf在上下左右都平移复制一次，然后恰当使用连线脚本（可能需要修改），以及恰当设定显示方式 ...

谢谢sob老师。我用genconf在xyz各平移一次，然后画线。纳闷怎么把这盒子再去掉，是不是该用ps了？还是有其他方式显示方式，只显示一定范围内的。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-21 14:33

guoy14iccas 发表于 2018-3-20 14:35
谢谢sob老师。我用genconf在xyz各平移一次，然后画线。纳闷怎么把这盒子再去掉，是不是该用ps了？还是有 ...

默认就不显示盒子
可以通过选择语句（比如x>20 and x<40...），只把中心盒子对应区域内的原子显示出来

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)