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标题: Ambe与Gaussian联用问题 [打印本页]

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Author: 16whzhengdn 时间: 2018-3-2 11:19
标题: Ambe与Gaussian联用问题
Ambe与Gaussian联用跑动力学进行最小化时，我给定了QM区范围，计算到 3. ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES时总出现这个错误“ ERROR IN SETPAR() upon atom distribution”，下附有输出文件，希望老师帮我看下，指点迷津.

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Author: lijiayisjtu 时间: 2018-3-2 16:02
借个楼，想问下老师，我跑过classical MD，最近通过amber官网的教程 http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial2/section3.htm 跑QM/MM MD，好像就min.in和md.in改了，跑QM/MM MD时，还需要heat和equil的过程吗？

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2018-3-2 16:51

lijiayisjtu 发表于 2018-3-2 16:02
借个楼，想问下老师，我跑过classical MD，最近通过amber官网的教程 http://ambermd.org/tutorials/advance ...

不需要，这两步即可

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2018-3-4 09:31

16whzhengdn 发表于 2018-3-2 16:51
不需要，这两步即可

想问下，你那个问题解决了么。我也没法运行MD，不知道为啥,这是我的min.in和md.in文件，谢谢了！

作者
Author: 16whzhengdn 时间: 2018-3-9 09:11

lijiayisjtu 发表于 2018-3-4 09:31
想问下，你那个问题解决了么。我也没法运行MD，不知道为啥,这是我的min.in和md.in文件，谢谢了！

我的还没有解决，不过你可以将iqmatoms改为qmmask试试，按照手册上的格式’:32,57,60,78,58’

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