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标题: 关于金属Mo的处理的问题 [打印本页]

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2018-1-31 16:16
标题: 关于金属Mo的处理的问题
蛋白中有一个带金属Mo辅助分子，它是小分子对接进蛋白的重要部分.但是，我在对接的过程中显示Mo和S的电荷为0.请问这该怎么处理呢？已知Mo的化合价+6。请问可以用别的金属的电荷代替Mo的吗？

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2018-1-31 16:29
怎么才能知道Mo的参数呢？

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2018-1-31 17:14
atom_par H    2.00  0.020 0.0000 0.00051  0.0  0.0  0  -1  -1  3 # Non H-bonding Hydrogen
atom_par HD    2.00  0.020 0.0000 0.00051  0.0  0.0  2  -1  -1  3 # Donor 1 H-bond Hydrogen
atom_par HS    2.00  0.020 0.0000 0.00051  0.0  0.0  1  -1  -1  3 # Donor S Spherical Hydrogen
atom_par C    4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0 # Non H-bonding Aliphatic Carbon
atom_par A    4.00  0.150  33.5103  -0.00052  0.0  0.0  0  -1  -1  0 # Non H-bonding Aromatic Carbon
atom_par N    3.50  0.160  22.4493  -0.00162  0.0  0.0  0  -1  -1  1 # Non H-bonding Nitrogen
atom_par NA    3.50  0.160  22.4493  -0.00162  1.9  5.0  4  -1  -1  1 # Acceptor 1 H-bond Nitrogen
atom_par NS    3.50  0.160  22.4493  -0.00162  1.9  5.0  3  -1  -1  1 # Acceptor S Spherical Nitrogen
atom_par OA    3.20  0.200  17.1573  -0.00251  1.9  5.0  5  -1  -1  2 # Acceptor 2 H-bonds Oxygen
atom_par OS    3.20  0.200  17.1573  -0.00251  1.9  5.0  3  -1  -1  2 # Acceptor S Spherical Oxygen
atom_par F    3.09  0.080  15.4480  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Fluorine
atom_par Mg    1.30  0.875 1.5600  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Magnesium
atom_par MG    1.30  0.875 1.5600  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Magnesium
atom_par P    4.20  0.200  38.7924  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  5 # Non H-bonding Phosphorus
atom_par SA    4.00  0.200  33.5103  -0.00214  2.5  1.0  5  -1  -1  6 # Acceptor 2 H-bonds Sulphur
atom_par S    4.00  0.200  33.5103  -0.00214  0.0  0.0  0  -1  -1  6 # Non H-bonding Sulphur
atom_par Cl    4.09  0.276  35.8235  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Chlorine
atom_par CL    4.09  0.276  35.8235  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Chlorine
atom_par Ca    1.98  0.550 2.7700  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Calcium
atom_par CA    1.98  0.550 2.7700  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Calcium
atom_par Mn    1.30  0.875 2.1400  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Manganese
atom_par MN    1.30  0.875 2.1400  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Manganese
atom_par Fe    1.30  0.010 1.8400  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Iron
atom_par FE    1.30  0.010 1.8400  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Iron
atom_par Zn    1.48  0.550 1.7000  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Zinc
atom_par ZN    1.48  0.550 1.7000  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Zinc
atom_par Br    4.33  0.389  42.5661  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Bromine
atom_par BR    4.33  0.389  42.5661  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Bromine
atom_par I    4.72  0.550  55.0585  -0.00110  0.0  0.0  0  -1  -1  4 # Non H-bonding Iodine
atom_par Z    4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0  # Non H-bonding covalent map
atom_par G    4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0 # Ring closure Glue Aliphatic Carbon  # SF
atom_par GA    4.00  0.150  33.5103  -0.00052  0.0  0.0  0  -1  -1  0 # Ring closure Glue Aromatic Carbon # SF
atom_par J    4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0 # Ring closure Glue Aliphatic Carbon  # SF
atom_par Q    4.00  0.150  33.5103  -0.00143  0.0  0.0  0  -1  -1  0 # Ring closure Glue Aliphatic Carbon  # SF

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2018-1-31 17:15

胡姐姐发表于 2018-1-31 17:14
atom_par H 2.00 0.020 0.0000 0.00051 0.0 0.0 0 -1 -1 3 # Non H-bonding Hydrogen
ato ...

知道了ADT-paramter.dat可以推出mo的参数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-31 19:46
化合价和原子电荷没直接关系，见
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362

可以自行计算CHELPG或ADCH电荷来用

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2018-2-1 19:06

sobereva 发表于 2018-1-31 19:46
化合价和原子电荷没直接关系，见
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362

恩恩，好的，谢谢老师

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