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标题: tilt angle 是否是用bundle命令计算的？ [打印本页]

作者
Author: wx91aaa 时间: 2018-1-25 23:13
标题: tilt angle 是否是用bundle命令计算的？
看到文献中计算表面活性剂在水面吸附结构的倾斜角（体系为图1，计算倾斜角为图2。文献为dx.doi.org/10.1021/la5030586），我也想做这样的tilt angle分析。查看培训班讲义得知bundle命令可以计算倾斜程度。找到实例使用命令为[size=+0]gmx bundle [size=+0]-[size=+0]f traj[size=+0].[size=+0]xtc [size=+0]-[size=+0]s topol[size=+0].[size=+0]tpr [size=+0]-[size=+0]n index[size=+0].[size=+0]ndx [size=+0]-[size=+0]ol bun_len[size=+0].[size=+0]xvg [size=+0]-[size=+0]od bun_dist[size=+0].[size=+0]xvg [size=+0]-[size=+0]oz bun_z[size=+0].[size=+0]xvg [size=+0]-[size=+0]ot bun_tilt[size=+0].[size=+0]xvg [size=+0]-[size=+0]otr bun_tiltr[size=+0].[size=+0]xvg [size=+0]-[size=+0]otl bun_tiltl[size=+0].[size=+0]xvg [size=+0]-[size=+0]ok bun_kink[size=+0].[size=+0]xvg [size=+0]-[size=+0]okr bun_kinkr[size=+0].[size=+0]xvg [size=+0]-[size=+0]okl bun_kinkl[size=+0].[size=+0]xvg [size=+0]-[size=+0]oa axes[size=+0].[size=+0]pdb [size=+0]-[size=+0]xvg ENUM [size=+0]-[size=+0]z BOOL。但是我始终计算失败。请求各位老师指导。谢谢！
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作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-25 23:23
帖子信息有问题，有一大堆标签，建议重新编辑下

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Author: 02130213aaa 时间: 2018-1-26 13:57
本帖最后由 02130213aaa 于 2018-1-26 13:59 编辑

sobereva 发表于 2018-1-25 23:23
帖子信息有问题，有一大堆标签，建议重新编辑下

谢谢sob老师。不知为何原帖不能编辑了，我在回复中重新写一下。看到文献中计算表面活性剂在水面吸附结构的倾斜角（体系为图1，计算倾斜角为图2。文献为dx.doi.org/10.1021/la5030586），我也想做这样的tilt angle分析。查看培训班讲义得知bundle命令可以计算倾斜程度。找到实例使用命令为gmx bundle -f traj.xtc -s topol.tpr -n index.ndx -ol bun_len.xvg -od bun_dist.xvg -oz bun_z.xvg -ot bun_tilt.xvg -otr bun_tiltr.xvg -otl bun_tiltl.xvg -ok bun_kink.xvg -okr bun_kinkr.xvg -okl bun_kinkl.xvg -oa axes.pdb -xvg ENUM -z BOOL
但是我还是计算失败。请求各位老师指导。谢谢！！
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作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-26 17:57
科音动力学培训班里讲膜蛋白模拟的时候给过一个我写的VMD\scripts\tilt_Z.tcl脚本，可以计算指定的区域对应的主轴的倾斜角随模拟时间的变化，你改写一下，加个循环，就可以用来输出每一帧所有磷脂的倾斜角随时间的变化。之后把数据导入到origin里处理一下就可以得到概率分布曲线。
bundle那个命令我都不用，描述得太抽象，还不如自己写脚本放心、省事

作者
Author: 02130213aaa 时间: 2018-1-30 00:10

sobereva 发表于 2018-1-26 17:57
科音动力学培训班里讲膜蛋白模拟的时候给过一个我写的VMD\scripts\tilt_Z.tcl脚本，可以计算指定的区域对应 ...

谢谢sob老师！就如同讲义里说的，不会写脚本程序相当于只会VMD的皮毛。要想明明白白的做研究，要学的东西太多了。编程基础为零的我捣鼓了两天才弄懂这个小小的问题=w=不是能否开设编程入门培训班来给我这样的初学者扫扫盲。再次感谢sob老师。

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