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标题: 气液NPT模拟box被拉长问题 [打印本页]

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Author: hogan6789 时间: 2018-1-20 16:06
标题: 气液NPT模拟box被拉长问题
我正在跑一个很简单的系统是长方体，一边是水(密度1)一边是甲烷(密度0.3)
我的压力设定如下：
Pcoupl                = Parrinello-Rahman
pcoupltype             = semiisotropic
ref_p                   = 100 100
tau_p                   = 10 10
compressibility       = 4.5e-5 4.5e-5

但是边跑box的z轴一直被拉长，而且是非常大的变动,想请问有没有办法能让它变动不那么夸张?
在这步骤前我已经先跑过energy minimization和nvt让系统平衡了

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Author: sobereva 时间: 2018-1-20 16:11
索性把z方向可压缩率设成0

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Author: hogan6789 时间: 2018-1-20 17:00

sobereva 发表于 2018-1-20 16:11
索性把z方向可压缩率设成0

谢谢回答, 想在请问若把可压缩率设成0除了体积外还会对这个系统有什么影响?看了手册关于compressibility的叙述还是没很懂

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Author: sobereva 时间: 2018-1-20 17:04

hogan6789 发表于 2018-1-20 17:00
谢谢回答, 想在请问若把可压缩率设成0除了体积外还会对这个系统有什么影响?看了手册关于compressibility ...

就是相当于在Z方向用了固定尺寸盒子，相当于此体系是NVT与NPT混合

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Author: fhh2626 时间: 2018-1-20 18:36
水的密度是1000kg/m3，甲烷密度是0.656kg/m3
你现在的甲烷密度是300kg/m3，跑NPT，体积当然会变大

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