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标题: GROMACS 2018已发布 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-15 00:22
标题: GROMACS 2018已发布
release note：
http://manual.gromacs.org/documentation/2018/release-notes/index.html
主要改进还是性能上的提升、对新硬件更好的支持。特别是GPU加速时原本很多CPU的工作都转移到了GPU上，从而降低了对CPU性能的要求。功能上没显著改进。

下载地址
ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.tar.gz

作者
Author: alystone 时间: 2018-1-15 08:33
Gromacs的Cpu并行实在做的太好了，如果课题组里CPU核数多节点多，个人觉得没必要使用GPU加速。当然如果CPU规模小，这是个好消息。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-15 10:14

alystone 发表于 2018-1-15 08:33
Gromacs的Cpu并行实在做的太好了，如果课题组里CPU核数多节点多，个人觉得没必要使用GPU加速。当然如果CPU ...

GPU性价比还是高得多。不到一万的机子速度能比得上较好配置的双路服务器

作者
Author: alystone 时间: 2018-1-15 11:14

sobereva 发表于 2018-1-15 10:14
GPU性价比还是高得多。不到一万的机子速度能比得上较好配置的双路服务器

赞同。GPU的性价比是CPU比不来的。

作者
Author: kunkun 时间: 2018-1-15 21:21
这个提升有多大呢？原来需要10个cpu的计算现在要多少个？如果不需要很多的话，我服务器也可以同时开始跑起动力学了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-1-16 07:20

kunkun 发表于 2018-1-15 21:21
这个提升有多大呢？原来需要10个cpu的计算现在要多少个？如果不需要很多的话，我服务器也可以同时开始跑起 ...

只要有个强大的GPU，诸如1080Ti，哪怕四核机子跑也挺快

作者
Author: 张雅琴 时间: 2018-1-18 16:43

sobereva 发表于 2018-1-16 07:20
只要有个强大的GPU，诸如1080Ti，哪怕四核机子跑也挺快

您好想请教个问题，我们现有的节点CPU是32核的E5-2682-v4，
好的GPU，如1080TI算gromacs的速度能比得过吗？

作者
Author: alystone 时间: 2018-1-18 17:38
本帖最后由 alystone 于 2018-1-18 17:42 编辑

张雅琴发表于 2018-1-18 16:43
您好想请教个问题，我们现有的节点CPU是32核的E5-2682-v4，
好的GPU，如1080TI算gromacs的速度能比得过 ...

具体需要你测试，我的GTX1080/i7-2600没有干过24核的双路E5-2680V3。当然我当时用的版本是GROMACS5.1.4，新版本应该会强一些。

作者
Author: 张雅琴 时间: 2018-1-19 21:11

alystone 发表于 2018-1-18 17:38
具体需要你测试，我的GTX1080/i7-2600没有干过24核的双路E5-2680V3。当然我当时用的版本是GROMACS5.1.4， ...

2680v3我们也有请问1080TI大概相当于2680v3的几成？

作者
Author: alystone 时间: 2018-1-20 11:50

张雅琴发表于 2018-1-19 21:11
2680v3我们也有请问1080TI大概相当于2680v3的几成？

以下是我的个人见解，仅供参考：
1、如果有2683V4就用，由于主频低，单核处理能力是不如2680V3的。但是跑mpi并行化作业，36核的综合优势还是比V3要强一些。我没有做过测试，你可以看一些两个cpu的测试。个人感觉跑gromacs，AVX2指令集下，36核的V4要比24核的V3强0.2-0.3左右。
2、在GROMACS5.1.4版本下，我的结果是24核并行2680V3比GTX1080强0.1-0.2，但是由于GTX1080TI要比GTX1080强1.25左右，可以说GTX1080TI已经超越了24核的双路2680V3。
3、在加上新版本2018版把一些CPU计算任务加入到GPU中，这会对发挥GPU优势是很大的提升。
   在老版本里，只有类似PME这种静电会写进GPU，所以会有GPU和CPU性能的平衡，不能有短板才能跑得快。
   新版本里，也就是只要有不是太差的CPU起到调度作用，有逻辑运算能力，不需要大科学运算，只要有强的GPU就会跑的很快。
   这个时候，你会发现老版的Gromacs GPU跑的时候只有50度-60度，新办的Gromacs跑的时候有80度-90度。
4、我个人有4个GPU工作站，我在算一些不是很关键的任务的时候，还是选择服务器提交，因为GPU计算的时候太吵了，我没有专门的机房去放机器，但我们的CPU服务器是远程的。我还是喜欢安静的思考问题的，所以只有要紧急数据的时候，我会用我的GPU加速迅速得到结果。
5、在算一些较多的任务的时候，比如热力学积分、伞形采样，一个GPU只能运算一个作业，但是一般服务器的CPU队列是很多的，这样的情况就可以大大发挥CPU的性能，用GPU只能一个一个算，用CPU可以同时算。大大减少了实际运用的时间。

综上所述，在gromacs5.1.4下，你的GTX1080TI 和 CPU服务器的性能差别不会很大，即使差，最大也是在百分之二十左右的差别，这对于动力学来说是一个可以接受的差别。

动力学的精髓在于分析，拿轨迹只是最初的一步。个人意见，有误见谅。

作者
Author: 张雅琴 时间: 2018-1-21 16:46

alystone 发表于 2018-1-20 11:50
以下是我的个人见解，仅供参考：
1、如果有2683V4就用，由于主频低，单核处理能力是不如2680V3的。但是 ...

十分感谢！

作者
Author: 我本是个娃娃 时间: 2018-1-21 22:30
为防止大陆用户下载困难，特上传百度盘，需要的自行下载。

链接：https://pan.baidu.com/s/1ggzFGMv 密码：pmjt

作者
Author: lonemen 时间: 2018-1-27 11:48
分析的很实际，很透彻。谢谢分享！

作者
Author: 神龍 时间: 2018-2-4 15:55
谢谢分享

作者
Author: zdwssg123 时间: 2018-3-6 10:22

sobereva 发表于 2018-1-16 07:20
只要有个强大的GPU，诸如1080Ti，哪怕四核机子跑也挺快

那请问sob老师，如果我同时安装了gromacs-5.1.2和gromacs-2018的gpu版本的话，调用命令如果是一样的该怎么调整呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-6 13:18

zdwssg123 发表于 2018-3-6 10:22
那请问sob老师，如果我同时安装了gromacs-5.1.2和gromacs-2018的gpu版本的话，调用命令如果是一样的该怎 ...

在.bashrc里同时加入对两个版本的设置，不用的那个就注释掉

作者
Author: Amiswen 时间: 2018-3-11 15:04
随着版本的更新，力场参数有没有增加呢?

作者
Author: mol 时间: 2018-3-11 15:46

alystone 发表于 2018-1-20 11:50
以下是我的个人见解，仅供参考：
1、如果有2683V4就用，由于主频低，单核处理能力是不如2680V3的。但是 ...

您好，linux下用什么监测gpu的温度呢？
另外80-90度的高温是不是影响gpu的温度呀，有什么好办法么
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-11 21:03

mol 发表于 2018-3-11 15:46
您好，linux下用什么监测gpu的温度呢？
另外80-90度的高温是不是影响gpu的温度呀，有什么好办法么
谢谢 ...

对于n卡，装了nvidia的驱动后，在linux系统中的驱动面板里可以看到温度（也看具体显卡）。八九十度完全没关系。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-11 21:04

zdwssg123 发表于 2018-3-6 10:22
那请问sob老师，如果我同时安装了gromacs-5.1.2和gromacs-2018的gpu版本的话，调用命令如果是一样的该怎 ...

.bashrc文件里同时写上5.1.2和2018的配置信息，用哪个版本就把不用的版本的信息注释掉

作者
Author: alystone 时间: 2018-3-12 08:03
本帖最后由 alystone 于 2018-3-12 08:04 编辑

mol 发表于 2018-3-11 15:46
您好，linux下用什么监测gpu的温度呢？
另外80-90度的高温是不是影响gpu的温度呀，有什么好办法么
谢谢 ...

你好，我一般用nvidia-smi命令来检测GPU温度及GPU使用情况。如果linux提示查找不到该命令，请检查nvidia驱动目录是否写进PATH路径。我一般用watch nvidia-smi命令实时监测GPU温度。
对于GPU温度，具体要看是什么GPU型号和厂家，对于同代旗舰GPU，像680,780，980，1080（Ti）等，板子的质量和极限温度会高一些，90度以内是可以接受的，但要注意机器的通风，不要让热量聚集引发烧掉晶体管的危险。对于其他型号的显卡，用量就没这么好，特别是像GTX750Ti，GTX1050这类低功耗的GPU，达到这么高的温度的时候一定要检查显卡的散热系统，因为此类卡即使满载，一般也不可能达到这么高的温度。除此之外，还要注意低代旗舰卡的温度也不应较高，像280，480，580卡，由于硬件工艺和电源管理系统的优化技术较低，这类卡长时间的高温运行，带来的风险会比高代旗舰的风险大得多，尽量保持在80度以内的运行，会对长时间的计算任务有大大的帮助。
如果出现GPU温度实在太高，与自己的预期不符的情况，但是还想进行科学运算，可利用init 5的命令进入图形界面，在nvidia的控制面板处，对GPU进行降频和锁频，以此来限制GPU运行的满载频率，但这个降频和锁频的操作是需要近几年的GPU才支持这样做，早些年的GPU硬件上是不支持的。这样就可以有效的控制GPU的最大温度，但会牺牲掉GPU的运行效率。具体效率和温度之间的关系，需要你不断地测试你当前的环境而决定。
谢谢。

作者
Author: bluewhale 时间: 2018-3-12 08:44
Gromacs 2018版的GPU代码：
$ find . | grep ".cu$"
./gpu_utils/pmalloc_cuda.cu
./gpu_utils/pinning.cu
./gpu_utils/cudautils.cu
./gpu_utils/tests/devicetransfers.cu
./gpu_utils/gpu_utils.cu
./ewald/pme-solve.cu
./ewald/pme.cu
./ewald/pme-gather.cu
./ewald/pme-timings.cu
./ewald/pme-spread.cu
./ewald/pme-3dfft.cu
./utility/cuda_version_information.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_VF_prune.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_F_noprune.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_F_prune.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_VF_noprune.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_kernel_pruneonly.cu
./mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_data_mgmt.cu

作者
Author: 杜黎小松 时间: 2018-3-12 09:50
sob老师，有关于gromacs的学习资料吗？比如按照实例操作一下这类型的资料，这类资料好像找不到，只能在一些书上找到些凤毛菱角的东西。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-12 12:04

杜黎小松发表于 2018-3-12 09:50
sob老师，有关于gromacs的学习资料吗？比如按照实例操作一下这类型的资料，这类资料好像找不到，只能在一些 ...

科音的分子动力学与GROMACS培训班是最系统的学习GROMACS的渠道，没有之一，介绍见http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html
所有网上和gmx有关的资料我一个不差全都看过，基本都是零碎的东西，也就Justin有几个gmx教程还算说得过去（http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html），但是里面有不少错误、不合理的地方

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