3:利用multiwfn,
Select -1 to define fragment 1
输入homo涉及到的原子是:1-6,11-16,21-24,29
Select 3 to do Orbital composition analysis with Ros-Schuit (SCPA) partition
Input the orbital number to print composition 输入64
得到的composition of fragment :98.835576%
同样的方式,计算出了lumo片段。为97.855182.
所以他们定义的q数值为:98.835576%—97.855182%=0.98%
所以说OHF=42*q=0.412
这和他们文章中说的不一样啊,他们文章是OHF为4.选用的泛函是MPWLYP1M。
不知道错在什么地方,还请sob指点,或者是sob老师能提供什么更好地计算激发态选用泛函的方式,您的乱谈激发态的计算方法和谈谈轨道成份的计算方法
帖子我已经看了,
谢谢sob,这个问题目前就是弄不明白了。
作者Author: sobereva 时间: 2015-3-25 02:57
你对片段定义得不对,而且这么定义也没有任何意义。
假设就考虑苯基和咔唑两个片段,那么苯基就是22-32,咔唑是1-21。比如你要得到a_i和b_i,这里i对应苯基片段,你就先在选项-1里输入a 22-32将苯基原子定义为被考虑的片段,然后选3进入SCPA分析,再输入64,得到的Composition of the fragment就是a_i。再输入65,得到的就是b_i。
作者Author: 小范范1989 时间: 2015-3-25 07:54
嗯,谢谢sob,这个phcz分子试出来了。谢谢sob
不过sob睡觉好晚,早休息
引用您的话:Money and papers are rubbish, get a real life!
作者Author: yezhonghua 时间: 2016-4-12 22:36
你好,我看了你的q的计算,我是采用每个原子对HOMO/LUMO的贡献度,进行差值计算,并取绝对值。得到的数处以2就是q了。但是好像和文献计算的q值有点差别。
不知道兄台是怎么计算的?还有,我看到文献中在溶剂甲苯中计算EVE的时候,这个q值不知道怎么确定?
谢谢!
作者Author: 小范范1989 时间: 2016-4-13 07:27
1:我是采用每个原子对HOMO/LUMO的贡献度,进行差值计算,并取绝对值。得到的数处以2就是q了。这样不对,你看HOMO或者LUMO分布在哪几个原子上,比如说1-20原子。然后,你看着1-20原子对HOMO贡献,对LUMO贡献,两者做差。这样求得q
作者Author: 小范范1989 时间: 2016-4-13 07:28
同时,你应该看文献知道,基态是bl3lyp gas下优化。 利用OHF计算其他的激发能或者什么的时候,都是在toluene中进行的。这个要区分好。
作者Author: yezhonghua 时间: 2016-4-13 20:46
本帖最后由 yezhonghua 于 2016-4-14 20:17 编辑
望兄台指点一下,目前q值的计算卡住了。
我还是不太明白你的意思。假如HOMO分布在1-20,21-24,28原子上,那么是否可以定义为1-20为一个片段;21-24为一个片度;28为一个原子。在选项-1里输入a 1-20原子定义为被考虑的片段,然后选3进入SCPA分析,再输入64,得到的Composition of the fragment就是a_i,再输入65,得到的就是b_i,a_i -b_i就是1-20原子的q。然后再计算21-24,28原子的q。同样,对于LUMO分布的原子也是执行上述操作。最后,所有的q相加就是最后的q了。
谢谢!
作者Author: yezhonghua 时间: 2016-4-13 20:53
EVA在gas下计算的;EVE在甲苯中计算的。就是如何确定在甲苯中计算的q值。
我觉得EVE甲苯中的q值是不是这样计算的:选择和gas中 OHF相近的泛函,比如gas中计算的q=0.5,则泛函为0.5*42=21;那么EVE甲苯中的计算,选择离21%相近的泛函—B3LYP进行激发态的opt,输出文件中计算得到q值。
谢谢!
作者Author: 3didadi 时间: 2016-4-13 21:20
看你们讨论好热烈,搜了一下原文,还没有仔细看。但是这篇文章的Fig.4相关性那么高啊啊?看激发态计算的文章不多,但是也没见过这么好的结果呢。他定义的这个参数有什么特殊之处才达到这么好的效果?请各位老师讲解一下啊,非常感谢!! sob老师能否也大致介绍一下? @sobereva
作者Author: 小范范1989 时间: 2016-4-13 22:21
,选择离21%相近的泛函—B3LYP进行激发态的opt,输出文件中计算得到q值。
这句话我不太懂。前面你是对的。通过前面你不是确定出来了OHF了?然后用这个OHF来处理激发态,他没有用OHF来优化激发态,文献都是基于基态,来近似计算激发态。以为大的有机分子涉及到激发态的优化很费事,所以,他就基于基态,利用他里面的公式,求得S1和T1能量,找到了能差。
作者Author: yezhonghua 时间: 2016-4-14 20:12
本帖最后由 yezhonghua 于 2016-4-14 20:22 编辑
文献中PHCZ的计算在S0和S1态的q值是不一样的相差很大。
1、仔细看了文章,他应该是基于基态进行B3LYP计算得到的q(第一个q)值,TD计算EVA,通过不同的泛函得到EVA-OHF曲线,根据得到的q值在曲线上找到EVA。
2、计算EVE的时候是在甲苯中的,文献提到S1的激发态opt的泛函开始选取与基态q值相近的泛函,然后进行opt后,得到q值(第二个q)。最后,通过不同的泛函得到EVE-OHF曲线,根据q值找到EVE。
3、我选取了PXT-TRZ分子按照文献进行了计算,就是第一个q值计算为0.950(文献0.905)不太符合,所以想请教你如何计算q值的。
4、EVE计算得到的q(第二个q)也不是很确定,请教一下兄台。
这篇文章的计算量很大,我算了PXZ-TRZ分子,计算结果能对上,不管是EVA还是EVE,但是就是q的计算应该是有问题的。
作者Author: yezhonghua 时间: 2016-4-14 21:54
事实上基本上所有的原子都会对HOMO/LUMO有贡献,只是有的原子贡献很小占0.005%左右,这类原子也应该算在里面吧。那这样的话片段怎么去定义呢?
谢谢!
作者Author: yezhonghua 时间: 2016-4-14 22:09
本帖最后由 yezhonghua 于 2016-4-14 22:17 编辑
作者Author: 小范范1989 时间: 2016-4-14 22:25
确实是,不过就是找那种贡献比较明显的。我一般都是按照默认的阈值找,然后哪个上面有分布,就用哪个原子
作者Author: yezhonghua 时间: 2016-4-14 22:35
你好,我下载你的PHCZ分子,你只做了opt分析,没有进行freq计算。
我是通过SCPC方法找到HOMO轨道成分的原子贡献值ai;LUMO轨道的成分的原子贡献值bi。两者相减后取绝对值,但是得到的数值为0.5996和文献的0.097相差太大。不知道你是怎么求的q值。跪求一下方法。
作者Author: yezhonghua 时间: 2016-4-14 22:44
那你的PHCZ S0 opt后,计算后q值能够为0.097么?我怎么是0.5996
作者Author: 小范范1989 时间: 2016-4-15 08:04
sob老师给你回复了,就是他那样子
作者Author: 石头 时间: 2016-7-11 21:36
您好,请问您知道为何基态没有加溶剂优化吗?这一点我不太明白。
作者Author: sobereva 时间: 2016-7-12 06:54
加不加隐式溶剂模型对于几何结构优化的影响通常是微不足道的
作者Author: 石头 时间: 2016-7-12 08:02
明白了,感谢Sob老师。
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