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标题: 请问怎么在模拟中约束质心 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2017-12-22 18:50
标题: 请问怎么在模拟中约束质心
请问各位gromacs大神，如何在gromacs模拟过程中如何实现固定蛋白质的质心，但不限制蛋白的形变。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-22 20:13
comm-grps = protein

作者
Author: alystone 时间: 2017-12-22 21:59

sobereva 发表于 2017-12-22 20:13
comm-grps = protein

谢谢sob老师的解答。但是我是在Pull的过程中需要限制一个蛋白的质心，而pull另一个蛋白。这个关键词可以这样用吗。我尝试了一下，出现以下错误：
WARNING 1 [file grompp_pull.mdp]:
  Some atoms are not part of any center of mass motion removal group.
  This may lead to artifacts.
  In most cases one should use one group for the whole system.

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-23 01:34
可以这么用
那个warning不用管

作者
Author: alystone 时间: 2017-12-23 10:44

sobereva 发表于 2017-12-23 01:34
可以这么用
那个warning不用管

好的，谢谢sob老师。如果我想限制蛋白组内原子的相对位置，但是不限定蛋白的平动和转动，应该怎么设置呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-23 16:54

alystone 发表于 2017-12-23 10:44
好的，谢谢sob老师。如果我想限制蛋白组内原子的相对位置，但是不限定蛋白的平动和转动，应该怎么设置呢 ...

增加[distance_restraint]

作者
Author: alystone 时间: 2017-12-23 20:48

sobereva 发表于 2017-12-23 16:54
增加[distance_restraint]

谢谢sob老师。

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