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标题: 关于质子化的问题 [打印本页]

作者
Author: azero 时间: 2017-12-19 23:37
标题: 关于质子化的问题
在酶与小分子对接或酶-小分子复合物MD中，氨基酸通常要考虑质子化状态
pH也应该会影响一些底物小分子的电离
求解，模拟中怎对小分子的状态进行判断或处理

PS：在目前研究方向中，酶水解的底物小分子主要是各种的糖

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-20 00:53
可以计算一下小分子的pka，根据与当前模拟环境的PH值来确定

作者
Author: azero 时间: 2017-12-20 17:28

sobereva 发表于 2017-12-20 00:53
可以计算一下小分子的pka，根据与当前模拟环境的PH值来确定

谢谢Sob老师，
我用chem3D计算如下
Molecular Networks: PKa = Atom: 15, pKa:16.7447 Atom: 17, pKa:14.3751 Atom: 19, pKa:23.1553 Atom: 21, pKa:12.2014 Atom: 23, pKa:19.1666 Log Units

Atom 15, 17, 19, 21, 23均为糖分子-OH的氧原子，但都大于12，感觉有点奇怪
ACDLAB等都需要crack，找了半天没弄好，老师能否推荐一些计算工具？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-20 18:12

azero 发表于 2017-12-20 17:28
谢谢Sob老师，
我用chem3D计算如下
Molecular Networks: PKa = Atom: 15, pKa:16.7447 Atom: 17, pKa:1 ...

pka计算综述看
WIREs Comput Mol Sci 2015. doi: 10.1002/wcms.1218

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-12-20 23:07
糖的羟基在生理状态下是不会解离的。要解离，除非用强碱如氢氧化钾、氢化钠。

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