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标题: thermal annealing的mdp文件怎么写 [打印本页]

作者
Author: Amiswen 时间: 2017-12-15 08:51
标题: thermal annealing的mdp文件怎么写
如文献中所说，600K，100bar运行10ns，然后在3ns内逐渐从600k降到300K的thermal annealing那么，在.mdp文件中的; Temperature coupling is on和 ;Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)两部分该如何写呢？

作者
Author: diaok 时间: 2017-12-15 10:57
annealing =single    ; 单次退火
annealing-npoints=4  ; 几个时间点
annealing-time= 0  10000 13000 500000  ;  时间点
annealing-temp=600  600  300  300 ;  时间节点上的温度
就像这样

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-15 14:02
(, 下载次数 Times of downloads: 51)

作者
Author: Amiswen 时间: 2017-12-15 14:31

diaok 发表于 2017-12-15 10:57
annealing =single    ; 单次退火
annealing-npoints=4  ; 几个时间点
annealing-time= 0  10000 130 ...

谢谢您！请问跟sob老师回复的那个的区别在哪儿呢，是否像sob老师展示的PPT中那样的算是多次退火，会更准确呢，那样的话，对应我说的过程又该如何写

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-15 14:36

Amiswen 发表于 2017-12-15 14:31
谢谢您！请问跟sob老师回复的那个的区别在哪儿呢，是否像sob老师展示的PPT中那样的算是多次退火，会更准 ...

不是说让你和ppt里写的一样，ppt只是给你给个例子供参考
是否要多次退火完全看你的目的

作者
Author: Amiswen 时间: 2017-12-15 15:31

sobereva 发表于 2017-12-15 14:36
不是说让你和ppt里写的一样，ppt只是给你给个例子供参考
是否要多次退火完全看你的目的

好的，谢谢老师

作者
Author: kunkun 时间: 2017-12-19 21:55

sobereva 发表于 2017-12-15 14:36
不是说让你和ppt里写的一样，ppt只是给你给个例子供参考
是否要多次退火完全看你的目的

sob老师，我通过同源建模之后，发现模型中部2个beta折叠的骨架与侧链与晶体结构相差较大。我能否在真空下对其他区域添加限制，然后特别针对该部分进行模拟退火（charmm力场）来优化构象骨架折叠呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-19 22:02

kunkun 发表于 2017-12-19 21:55
sob老师，我通过同源建模之后，发现模型中部2个beta折叠的骨架与侧链与晶体结构相差较大。我能否在真空下 ...

原理上没问题

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Author: kunkun 时间: 2017-12-19 22:19

sobereva 发表于 2017-12-19 22:02
原理上没问题

谢谢老师~

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