计算化学公社

标题: 请问GMX轨迹平衡后计算出来的平均结构有意义吗？ [打印本页]

作者
Author: jase20 时间: 2017-12-13 10:54
标题: 请问GMX轨迹平衡后计算出来的平均结构有意义吗？
请问论坛的各位前辈，用gmx covar或者rmsf计算出来得平均结构有意义吗？我是想把轨迹平衡后的平均构象作为代表性构象放在图中，我觉得毕竟在轨迹中随着时间变化构象也存在着不断涨落的过程，所以计算出来平均结构，肯定是参考了均方涨落因子之后的结构，这样感觉具有代表性。但我问了好多人，都说这样的方法不合适。
请问各位前辈怎么看呢？

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-12-13 12:31
我是做藥物開發跑蛋白配體MD模擬的碩班菜鳥
據我所知文獻上在討論結構的時候
都是直接用docking的結果來討論
MD軌跡得來的RMSD和RMSD
只是用來看蛋白配體間的距離以及結合區的重要殘基的位移變化
似乎不會特別去根據MD軌跡算出一個平均結構

而且邏輯上平均結構會很高機率破碎或形變吧(?

作者
Author: jase20 时间: 2017-12-13 13:47

HarrisLin 发表于 2017-12-13 12:31
我是做藥物開發跑蛋白配體MD模擬的碩班菜鳥
據我所知文獻上在討論結構的時候
都是直接用docking的結果 ...

谢谢前辈

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-13 13:50
平均结构没有丝毫物理意义，结构会严重变形。如果要取有代表性的结构，可以比如做簇分析，再从每个簇里取一帧

作者
Author: jase20 时间: 2017-12-13 15:06

sobereva 发表于 2017-12-13 13:50
平均结构没有丝毫物理意义，结构会严重变形。如果要取有代表性的结构，可以比如做簇分析，再从每个簇里取一 ...

谢谢sob老师，簇分析是聚类分析吗？对小分子和蛋白的体系可以这样做吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-13 16:55

jase20 发表于 2017-12-13 15:06
谢谢sob老师，簇分析是聚类分析吗？对小分子和蛋白的体系可以这样做吗？

用gmx cluster就可以做。可以

作者
Author: jase20 时间: 2017-12-13 21:38

sobereva 发表于 2017-12-13 16:55
用gmx cluster就可以做。可以

好的，谢谢sob老师

作者
Author: 510426762 时间: 2018-3-17 04:44
这里也提到了！！
http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Average_Structure
an average structure from a simulation is not necessarily a physically meaningful structure

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