计算化学公社

标题: 请问如何计算小分子和蛋白口袋周围残基在模拟过程中的contact map呢？ [打印本页]

作者
Author: jase20 时间: 2017-12-10 11:48
标题: 请问如何计算小分子和蛋白口袋周围残基在模拟过程中的contact map呢？
本帖最后由 jase20 于 2017-12-10 20:58 编辑

请问论坛的各位前辈，如何计算模拟过程中的小分子与口袋周围氨基酸的contact 比例呢？就是contact probably。比如像下图一样的

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-10 18:33
不知道你怎么定义contact。比如如果在模拟过程中，只要这个小分子与某个残基的最近距离小于某个值就当成contact，可以用gmx自带的mindist命令考察，看有多少帧处于contact状态，除以帧数就是和这个残基的contact概率。

作者
Author: jase20 时间: 2017-12-10 20:51

sobereva 发表于 2017-12-10 18:33
不知道你怎么定义contact。比如如果在模拟过程中，只要这个小分子与某个残基的最近距离小于某个值就当成con ...

谢谢sob老师，定义的contact就是说和残基上的重原子的截断距离在0.4 nm以内就算是一个contact，我试了一下用gmx mindist ，但是只是比如是单独蛋白的contact number. ，但不能得到和每个残基的contact数目....

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-12-10 21:10
可以的，你可以将相同的残基定义成一个group计算试试

作者
Author: jase20 时间: 2017-12-10 21:20

ruanyang 发表于 2017-12-10 21:10
可以的，你可以将相同的残基定义成一个group计算试试

前辈的意思是每个残基都定义成相应的一个group吗？那一个蛋白好几百个残基不是每一个都要定义一个group...?

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-10 21:24
其实基于mindist的数据，自己写shell脚本和自写的程序处理很简单。
如果非要一次把所有残基都考虑，你也可以用pairdist命令，-refgrouping或-selgrouping接上res的话，就可以把ref或sel选区的原子按照残基来划分，实现一次性得到某分子和蛋白所有残基的最近距离随时间的变化，然后写个小程序处理即可。

作者
Author: jase20 时间: 2017-12-11 13:49

sobereva 发表于 2017-12-10 21:24
其实基于mindist的数据，自己写shell脚本和自写的程序处理很简单。
如果非要一次把所有残基都考虑，你也可 ...

谢谢sob老师！这个工具很好用，不过貌似只有5.1以后的才有这个命令，所以之前一直没发现。我现在用的是excel处理的，感觉很方便，以后有时间再写个小程序。不过我算出来的probability有的都高达90%多，不知道为什么这篇文献的几率这么小，我定义的cantact标准是原子直接接触距离小于0.35。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)