计算化学公社

标题: 如何修改输入文件的firsttimestep，在计算一部分的基础上继续算 [打印本页]

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2017-12-8 21:26
标题: 如何修改输入文件的firsttimestep，在计算一部分的基础上继续算

set temp [expr $init_temp+1]

while{$temp<=$desired_temp} {

langevinTemp $temp

run 2000

set temp [expr $temp+1]

}

这个位置没看懂

setrestriction 0.8

while{$restriction>=0.2 } {

constraintScaling $restriction

run 200000

setrestriction [expr $restriction-0.2]

}

constraintScaling 0

run 200000

output nvt_zero_restrict

langevinPiston on

run 20000000

这里也没看懂

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-12-9 12:02
第一部分是升温，第二部分是跑一定步数之后释放约束（似乎是蛋白质体系常见的做法？）

续跑不需要设置firsttimestep，那个命令没用，要设置的是(bin)coordinates, (bin)velocities, ExtendedSystem这三个选项

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2017-12-9 13:41

fhh2626 发表于 2017-12-9 12:02
第一部分是升温，第二部分是跑一定步数之后释放约束（似乎是蛋白质体系常见的做法？）

续跑不需要设置fi ...

这是我的输出文件和第一次的conf文件，你可不可以帮我改一下

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2017-12-9 13:43

fhh2626 发表于 2017-12-9 12:02
第一部分是升温，第二部分是跑一定步数之后释放约束（似乎是蛋白质体系常见的做法？）

续跑不需要设置fi ...

我不太会，我也看教程的乐，但是，我还是不懂，不知道该如何下手

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-12-9 14:04

胡姐姐发表于 2017-12-9 13:41
这是我的输出文件和第一次的conf文件，你可不可以帮我改一下

我都不知道你要干嘛。。。怎么给你改

还有config怎么会是docx格式的

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2017-12-9 14:30

fhh2626 发表于 2017-12-9 14:04
我都不知道你要干嘛。。。怎么给你改

还有config怎么会是docx格式的

我这个是算蛋白质体系的。
我把在linux的conf文件复制word里了
老师要求我原来的基础上再算40ns，积分步长改为2fs

作者
Author: 胡姐姐 时间: 2017-12-10 15:30
这个是继续跑的正确格式

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-12-10 23:39

胡姐姐发表于 2017-12-10 15:30
这个是继续跑的正确格式

不要弄docx，传conf就行

这个看起来是对的，不需要改什么了

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