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标题: 计算氨基酸在轨迹中质心位置相对于平均位置的距离 [打印本页]

作者
Author: muxchong 时间: 2017-12-8 17:48
标题: 计算氨基酸在轨迹中质心位置相对于平均位置的距离
我想尝试用gromacs进行动态相关性网络分析，首先要计算出每个氨基酸在轨迹中质心位置相对于质心平均位置的距离，可以通过gmx distance来实现吗？

我用distance命令时-s 输入平均结构pdb，然后选择res_com of protein plus res_com of protein得到的是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-9 01:31
“质心平均位置”指整个体系的？如果是，可以用诸如
gmx distance -s md.tpr -f md.xtc -select "com of resid 21 plus com of group ""protein"""考察21号残基与蛋白质质心距离随时间的变化
用gmx pairdist也可以等效实现。

作者
Author: muxchong 时间: 2017-12-11 08:41

sobereva 发表于 2017-12-9 01:31
“质心平均位置”指整个体系的？如果是，可以用诸如
gmx distance -s md.tpr -f md.xtc -select "com of r ...

谢谢sob老师的解答，不是整个蛋白体系的“质心平均位置”，我想计算每个氨基酸距离它们各自平均质心位置的波动，比方说resid 21在每一帧相对于整个轨迹中resid 21的平均质心距离

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-11 14:38

muxchong 发表于 2017-12-11 08:41
谢谢sob老师的解答，不是整个蛋白体系的“质心平均位置”，我想计算每个氨基酸距离它们各自平均质心位置 ...

你想考察的是resid 21的质心位置相对于模拟过程中它的质心平均位置的距离随模拟时间的变化曲线？并且再得到个距离的平均值？
对于这个目的，gmx没有现成的工具，VMD里写个tcl脚本很容易。

作者
Author: muxchong 时间: 2017-12-11 17:49

sobereva 发表于 2017-12-11 14:38
你想考察的是resid 21的质心位置相对于模拟过程中它的质心平均位置的距离随模拟时间的变化曲线？并且再 ...

嗯嗯，是这个目的，
谢谢，那我用您说的方法摸索一下

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