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标题: 使用Gromacs+Python构建聚合物模型 [打印本页]

作者
Author: 张雅琴 时间: 2017-12-1 10:26
标题: 使用Gromacs+Python构建聚合物模型
各位大牛，我想用Python写一个可以调用gromacs的程序，从单体构建聚合物，使单体A，B形成ABBABABB。。这种不规则的聚合物，请问Gromacs中有什么命令可以实现呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 12:48
gmx自身没有聚合物建模功能

作者
Author: 张雅琴 时间: 2017-12-1 15:28
好的谢谢老师
我试试lammps的create bond 功能

作者
Author: xiaoruoqiu 时间: 2017-12-1 20:02
如果聚合度不高的话，建议试试SMILES字符串或HELM。

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