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标题: 关于MMFF力场的问题 [打印本页]

作者
Author: wxy 时间: 2015-2-2 17:40
标题: 关于MMFF力场的问题
最近读了Sob社长关于Molclus软件的介绍，发现这个软件是个好东西。但有一事不明：社长的介绍中推荐了许多的分子动力学力场，但就是没提MMFF力场，在其它相关论坛中也很少见到关于这个力场的评论；但从相关有机化学文献看，MMFF力场的使用很普遍。不知原因何在？是因为这个力场只适合有机小分子还是因其它原因？另请教社长：Molclus是否可用MMFF？先谢了！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-2-2 18:01
MMFF属于复杂型力场，主要适合有机小分子，算能量、优化构型之类的很准确（相对于分子力场范畴而言）。但缺点是函数形式比起gromos、amber、charmm、OPLS、UFF这些常用的都复杂得多，弄参数的时候只考虑了真空的情况，没考虑凝聚相下的模拟，所以大多数分子动力学程序都不支持MMFF（以及其它的诸如MM2、MM3这样的复杂型力场）。主流的动力学程序里tinker算为数不多的支持MMFF力场的。MMFF在分子设计程序中支持得比较普遍，常用的Chem3D也支持。

Molclus实际上和用什么程序、用什么力场完全无关。只需要提供.xyz轨迹文件就行了，不管.xyz文件是通过何种方法、什么程序产生的。那个介绍molclus的帖子，实际上只不过是展示了molclus比较常用的用法而已，灵活运用的话还能干好多事，给其它研究也提供很大方便。

作者
Author: wxy 时间: 2015-2-2 22:45
谢谢社长的解答。在我的研究中，计算是用来解决天然有机小分子的构型问题。目前我用Spartan'14作构象搜索软件，用其自带的MMFF力场，总体感觉还可以，比我之前用过的Hyperchem、Vega ZZ好用多了；但令人不爽的是完成构象搜索之后的DFT计算（如优化、频率计算、更高精度能量计算）需人工完成输入文件制作和计算数据整理（Spartan‘14也带常用DFT泛函和基组，但因是Windows版，计算效率很低），这些花费了我大量时间。而Molclus似可自动完成这些工作。事实上只要能自动完成构象分析、找出低能量构象即可为我节省80%以上的人力时间，所以我对这个软件很有兴趣，但目前我还没搞懂这个软件的安装和使用（我是Linux系统的小白）。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-2-3 04:11
你可以把spartan搜索出的结构的坐标都写成一个.xyz文件（格式非常简单，手动编辑也不麻烦），然后用molclus调用量化程序对这些结构做优化、单点、频率计算之类的任务，很方便。不同类型任务、不同方法，只需对同一个模板文件稍加修改即可。
molclus解压直接就能用。

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