计算化学公社

标题: 甲酯类物质参数问题 [打印本页]

作者
Author: zdy 时间: 2017-11-30 09:42
标题: 甲酯类物质参数问题
我用gromacs中自带的opls_aa力场参数算的甲酯类物质，含碳数少的结果比较精确，但是写到C17的甲酯时误差很大，而且拓扑都是按照一个模式写的，mdp文件也是用的一样的，为什么结果会有这么大的差距呢，而且有的时候同一种物质，在300k的时候结果还行，到了400k就不行了。搞得很纳闷

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-30 14:23
400K结果不好很正常，常用力场适用的理想温度范围达不到那么高

作者
Author: zdy 时间: 2017-11-30 15:25

sobereva 发表于 2017-11-30 14:23
400K结果不好很正常，常用力场适用的理想温度范围达不到那么高

哦哦，那理想的温度范围是多少

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-30 15:52

zdy 发表于 2017-11-30 15:25
哦哦，那理想的温度范围是多少

大多数力场都是适合常温下的模拟，偏离几十度还行，差太多就不能指望结果有多理想了

作者
Author: zdy 时间: 2017-11-30 20:19

sobereva 发表于 2017-11-30 15:52
大多数力场都是适合常温下的模拟，偏离几十度还行，差太多就不能指望结果有多理想了

哦哦，原理啊是这样的啊

作者
Author: zdy 时间: 2017-11-30 20:28

sobereva 发表于 2017-11-30 15:52
大多数力场都是适合常温下的模拟，偏离几十度还行，差太多就不能指望结果有多理想了

我感觉这个软件算的随机性特别大，我有的时候算了373k的结果还挺好，然后用相同的结构和mdp再运行323k时就不太好，而且有的时候算的速度快了也不准，算的慢的有时结果还可以。感觉这个东西怎么跟电脑计算的速度还有关系呢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-30 20:55

zdy 发表于 2017-11-30 20:28
我感觉这个软件算的随机性特别大，我有的时候算了373k的结果还挺好，然后用相同的结构和mdp再运行323k时 ...

跟电脑速度没关系，MD本身有混沌效应所致，参看
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

对于模拟均相性质，跑的时间越长，采样帧数越多，得到的结果统计误差越小，重现性越高。

作者
Author: zdy 时间: 2017-12-1 10:55

sobereva 发表于 2017-11-30 20:55
跟电脑速度没关系，MD本身有混沌效应所致，参看
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://soberev ...

那出现这种情况只能通过加长计算时间，多采样，来解决吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-1 12:50

zdy 发表于 2017-12-1 10:55
那出现这种情况只能通过加长计算时间，多采样，来解决吗？

是的。

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