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标题: 关于GROMACS中opls-aa力场和gromos力场的顺反异构问题 [打印本页]

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Author: zdwssg123 时间: 2017-11-21 20:10
标题: 关于GROMACS中opls-aa力场和gromos力场的顺反异构问题
我计算的体系涉及到一个碳碳双键顺反异构的问题。使用的是gromos53a6力场。两个体系的区别就在于物质的顺反不同，我用高斯画出了顺反结构并进行了优化，但是我在opls-aa和gromos的力场文件中都没有找到关于碳碳双键的顺式键角和二面角信息和反式键角和二面角信息。所以我就用了相同的碳碳双键的力场信息，请问这样做对吗？还是应该重新去找新的力场信息？
我现在很纠结，体系还在计算中，希望大神可以给个解答。

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-11-22 00:11
一般情况下顺反异构只有结构不同，力场参数是相同的

如果是GAFF的话，顺反异构有可能导致RESP电荷不同

作者
Author: zdwssg123 时间: 2017-11-22 09:17

fhh2626 发表于 2017-11-22 00:11
一般情况下顺反异构只有结构不同，力场参数是相同的

如果是GAFF的话，顺反异构有可能导致RESP电荷不同

我的体系就是用高斯优化的顺反构型的电荷不同，还有就是坐标文件不相同。但力场文件一样，请问我可以这样计算吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-25 13:50

zdwssg123 发表于 2017-11-22 09:17
我的体系就是用高斯优化的顺反构型的电荷不同，还有就是坐标文件不相同。但力场文件一样，请问我可以这样 ...

不用额外找力场参数，这俩力场自带的参数足够正确描述顺式和反式的情况，直接用ATB之类程序产生拓扑文件就可以了。不过如果想要更好的电荷，建议用Multiwfn算RESP电荷代替ATB自己给出的，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

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