计算化学公社

标题: 求助对于配合物如何设置周期性边界条件(PBC) [打印本页]
作者
Author: bomsaude    时间: 2015-1-29 00:09
标题: 求助对于配合物如何设置周期性边界条件(PBC)
本帖最后由 bomsaude 于 2015-1-29 00:25 编辑

有CIF文件，想用MOPAC优化不是单个分子的配合物，在创建输入文件时遇到了PBC的问题，在MOPAC的网上手册中说可以设置PBC，但没有找到具体的操作步骤，例如，对于下面这样的配合物该如何创建输入文件呢？

从WEBCSD上随便下载一个含Co的CIF文件（见附件），结构如下面所示，分子式，空间群和晶胞参数为：

(C12 H10 Co N2 O6)n
Space Group: C 2/c
a 11.373(2) b 7.8632(16) c 13.162(3)
α 90 β 100.92(3) γ 90

用gaussview打开后，存成的gjf文件为：
  1. # pbepbe/3-21g/auto

  3. Title Card Required

  5. 0 1
  6. Co                -0.62334640    5.53097488    3.23091775
  7. O                 10.58432340    4.00000984    1.78592210
  8. O                  1.09108089    2.87242696    2.23437348
  9. O                  8.67979181    5.43189856    3.66347302
  10. H                  8.13040833    5.72126432    3.16629940
  11. H                  8.63754862    4.63063848    3.80343638
  12. N                 10.22893009    7.17910160    2.04581712
  13. C                 10.56013941    0.53391128    2.50370278
  14. C                 10.57241405    1.63554560    1.64427866
  15. C                 10.04621937    1.47670896    0.36315516
  16. H                  7.49838226    2.20720024   12.71430754
  17. C                  7.11387337    0.23589600   12.86809922
  18. H                  6.71855704    0.12502488   12.03452244
  19. C                  9.76959929    7.03520504    0.79480577
  20. H                  9.55499251    6.18283416    0.49239187
  21. C                 -0.11785634    2.94555472    1.93131340
  22. C                 -0.43383220    0.53391128    3.95813272
  23. N                 -0.10262288    7.17910160    4.41601838
  24. C                  0.35670792    7.03520504    5.66702974
  25. C                  0.51904825    0.23589600    6.51740729
  26. C                  0.08008784    1.47670896    6.09868035
  27. C                 -0.44610684    1.63554560    4.81755684
  28. C                 10.24416355    2.94555472    4.53052211
  29. O                 -0.45801619    4.00000984    4.67591341
  30. O                  9.03522632    2.87242696    4.22746202
  31. H                  0.13453936    2.20720024    6.67119897
  32. H                  0.91436458    0.12502488    7.35098407
  33. H                  0.57131470    6.18283416    5.96944364
  34. O                  1.44651540    5.43189856    2.79836248
  35. H                  1.99589888    5.72126432    3.29553611
  36. H                  1.48875859    4.63063848    2.65839913
  37. Co                -1.87003919    2.33222512    9.69275326
  38. Co                 5.06315360    1.59937488    3.23091775
  39. Co                 3.81646081    6.26382512    9.69275326
  40. O                 -1.70470898    3.86319016   11.13774891
  41. O                  9.33763060    3.86319016    8.24775760
  42. O                  4.89782340    0.06840984    1.78592210
  43. O                  5.22848381    0.06840984    4.67591341
  44. O                  3.98179102    7.79479016   11.13774891
  45. O                  3.65113060    7.79479016    8.24775760
  46. O                  7.78853353    4.99077304   10.68929753
  47. O                 -0.15561191    4.99077304    8.69620898
  48. O                  6.77758089    6.80402696    2.23437348
  49. O                  3.34872632    6.80402696    4.22746202
  50. O                  2.10203353    1.05917304   10.68929753
  51. O                  5.53088809    1.05917304    8.69620898
  52. O                  0.19982261    2.43130144    9.26019799
  53. O                  7.43309902    2.43130144   10.12530852
  54. O                  2.99329181    1.50029856    3.66347302
  55. O                  7.13301540    1.50029856    2.79836248
  56. O                  5.88632261    6.36290144    9.26019799
  57. O                  1.74659902    6.36290144   10.12530852
  58. H                  0.74920608    2.14193568    9.75737161
  59. H                  6.88371554    2.14193568    9.62813490
  60. H                  2.44390833    1.78966432    3.16629940
  61. H                  7.68239888    1.78966432    3.29553611
  62. H                  6.43570608    6.07353568    9.75737161
  63. H                  1.19721554    6.07353568    9.62813490
  64. H                  0.24206579    3.23256152    9.12023463
  65. H                  7.39085583    3.23256152   10.26527188
  66. H                  2.95104862    0.69903848    3.80343638
  67. H                  7.17525859    0.69903848    2.65839913
  68. H                  5.92856579    7.16416152    9.12023463
  69. H                  1.70435583    7.16416152   10.26527188
  70. N                 -1.34931568    0.68409840   10.87785389
  71. N                  8.98223730    0.68409840    8.50765262
  72. N                  4.54243009    3.24750160    2.04581712
  73. N                  5.58387712    3.24750160    4.41601838
  74. N                  4.33718432    4.61569840   10.87785389
  75. N                  3.29573730    4.61569840    8.50765262
  76. C                 -1.68052500    7.32928872   10.41996822
  77. C                  9.31344662    7.32928872    8.96553829
  78. C                  4.87363941    4.46551128    2.50370278
  79. C                  5.25266780    4.46551128    3.95813272
  80. C                  4.00597500    3.39768872   10.41996822
  81. C                  3.62694662    3.39768872    8.96553829
  82. C                 -1.69279964    6.22765440   11.27939235
  83. C                  9.32572126    6.22765440    8.10611417
  84. C                  4.88591405    5.56714560    1.64427866
  85. C                  5.24039316    5.56714560    4.81755684
  86. C                  3.99370036    2.29605440   11.27939235
  87. C                  3.63922126    2.29605440    8.10611417
  88. C                 -1.16660495    6.38649104   12.56051585
  89. C                  8.79952657    6.38649104    6.82499066
  90. C                  4.35971937    5.40830896    0.36315516
  91. C                  5.76658784    5.40830896    6.09868035
  92. C                  4.51989505    2.45489104   12.56051585
  93. C                  3.11302657    2.45489104    6.82499066
  94. H                  1.38123215    5.65599976    0.20936347
  95. H                  8.74507505    5.65599976    6.25247203
  96. H                  1.81188226    6.13880024   12.71430754
  97. H                  5.82103936    6.13880024    6.67119897
  98. H                  7.06773215    1.72439976    0.20936347
  99. H                  3.05857505    1.72439976    6.25247203
  100. C                  1.76574104    7.62730400    0.05557179
  101. C                  8.36056617    7.62730400    6.40626372
  102. C                  1.42737337    4.16749600   12.86809922
  103. C                  6.20554825    4.16749600    6.51740729
  104. C                  7.45224104    3.69570400    0.05557179
  105. C                  2.67406617    3.69570400    6.40626372
  106. H                  2.16105737    7.73817512    0.88914857
  107. H                  7.96524984    7.73817512    5.57268694
  108. H                  1.03205704    4.05662488   12.03452244
  109. H                  6.60086458    4.05662488    7.35098407
  110. H                  7.84755737    3.80657512    0.88914857
  111. H                  2.27874984    3.80657512    5.57268694
  112. C                 -0.88998487    0.82799496   12.12886524
  113. C                  8.52290649    0.82799496    7.25664127
  114. C                  4.08309929    3.10360504    0.79480577
  115. C                  6.04320792    3.10360504    5.66702974
  116. C                  4.79651513    4.75959496   12.12886524
  117. C                  2.83640649    4.75959496    7.25664127
  118. H                 -0.67537809    1.68036584   12.43127914
  119. H                  8.30829972    1.68036584    6.95422737
  120. H                  3.86849251    2.25123416    0.49239187
  121. H                  6.25781470    2.25123416    5.96944364
  122. H                  5.01112191    5.61196584   12.43127914
  123. H                  2.62179972    5.61196584    6.95422737
  124. C                  8.99747076    4.91764528   10.99235761
  125. C                 -1.36454913    4.91764528    8.39314890
  126. C                  5.56864366    6.87715472    1.93131340
  127. C                  4.55766355    6.87715472    4.53052211
  128. C                  3.31097076    0.98604528   10.99235761
  129. C                  4.32195087    0.98604528    8.39314890
  130. Tv                11.37300000    0.00000000    0.00000000
  131. Tv                 0.00000000    7.86320000    0.00000000
  132. Tv                -2.49338558    0.00000000   12.92367101

复制代码
这样的坐标加上半经验法的关键词，似乎算不动啊，速度非常慢

请教该如何设置这类配合物的PBC，然后用于MOPAC的半经验方法计算，或者该看看那些相关教程来设置非单个分子配合物的PBC，谢谢了！

(, 下载次数 Times of downloads: 1)


作者
Author: sobereva    时间: 2015-1-29 00:44
可以看看http://openmopac.net/manual/index.html里面examples当中Solid State Calculations这部分的介绍和例子
作者
Author: bomsaude    时间: 2015-1-29 01:27
sobereva 发表于 2015-1-29 00:44
可以看看http://openmopac.net/manual/index.html里面examples当中Solid State Calculations这部分的介绍和 ...

谢谢您！我这就把有关固体计算的那部分例子仔细看一看。



欢迎光临 计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3