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标题: ADMP输出结果中参数的单位是什么 [打印本页]

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-1-27 16:40
标题: ADMP输出结果中参数的单位是什么
ADMP输出结果中参数的单位是什么？  谢谢大家！
#p PM6 admp=(stepsize=1000,maxpoint=2000) （体系就只有6个原子,CH4O）
参数：General parameters:
Maximum Steps             = 2000
Random Number Generator Seed = 398465
Time Step                   =  0.10000 femtosec
Ficticious electronic mass =  0.10000 amu
MW individual basis funct. = True
Initial nuclear kin. energy  =  0.10000 hartree NKE，为什么一般只用NKE不用DKE呢？
Initial electr. kin. energy  =  0.00000 hartree    DKE
Initial electr. KE scheme  =  0
Multitime step - NDtrC    =    1
Multitime step - NDtrP    =    1
No Thermostats chosen to control nuclear temperature

Integration parameters:

Follow Rxn Path (DVV)       = False
Constraint Scheme          =    10
Projection of angular mom. = True
Rotate density with nuclei = True

第一步输出：
ADMP step    0
GnVelC Random: Velocity----------随机速度，是原子初始的笛卡尔速度吗？单位是什么？
I= 1 X= 6.776577902369D-01 Y= 7.429033107124D-01 Z= 8.096585665196D-01
I= 2 X= 5.918403073752D-01 Y= 3.410950604214D-01 Z= 2.852121111959D-01
I= 3 X= 1.912162494242D-01 Y= 7.195232935778D-01 Z= 5.673842562704D-01
I= 4 X= 4.035037873473D-02 Y= 3.464603346208D-01 Z= 5.858358356755D-01
I= 5 X= 6.576648108690D-01 Y= 9.959465304093D-02 Z= 8.182893439322D-01
I= 6 X= 8.670178057043D-01 Y= 3.534648908784D-01 Z= 7.267570405295D-01
GnVelC Scaled: Velocity ----------单位和含义是什么？
I= 1 X= 1.190813188988D-01 Y= 1.305465787134D-01 Z= 1.422771365547D-01
I= 2 X= 1.040010539170D-01 Y= 5.993888102527D-02 Z= 5.011885771320D-02
I= 3 X= 3.360144825955D-02 Y= 1.264381285246D-01 Z= 9.970351781167D-02
I= 4 X= 7.090564569647D-03 Y= 6.088169307159D-02 Z= 1.029459189808D-01
I= 5 X= 1.155680554403D-01 Y= 1.750125625390D-02 Z= 1.437937786891D-01
I= 6 X= 1.523565807101D-01 Y= 6.211256772466D-02 Z= 1.277092776798D-01
GnVelC MW: Velocity----------是原子初始的质量加权笛卡尔速度吗，单位是什么？
I= 1 X=  -2.360253685914D-02 Y=  -2.566643445779D-02 Z=  -9.340270737142D-03
I= 2 X= 6.305375248492D-02 Y= 2.001113793989D-02 Z= 6.179772153078D-03
I= 3 X=  -7.882946007422D-03 Y= 8.161870853846D-02 Z= 5.538465026683D-02
I= 4 X=  -3.246039644181D-02 Y= 1.271346846427D-02 Z= 6.355939627588D-02
I= 5 X= 7.215022791778D-02 Y=  -3.066696835342D-02 Z= 9.568191225855D-02
I= 6 X=  -3.367903429401D-03 Y= 1.227205833397D-03 Z=  -4.733559982057D-02
GnVelC Scaled: Velocity ----------单位和含义是什么？
I= 1 X=  -5.221249413169D-02 Y=  -5.677815764071D-02 Z=  -2.066213619163D-02
I= 2 X= 1.394847384944D-01 Y= 4.426775937225D-02 Z= 1.367062020509D-02
I= 3 X=  -1.743830650957D-02 Y= 1.805533178926D-01 Z= 1.225194878119D-01
I= 4 X=  -7.180746158116D-02 Y= 2.812417586915D-02 Z= 1.406033014533D-01
I= 5 X= 1.596075614346D-01 Y=  -6.784011882900D-02 Z= 2.116633187409D-01
I= 6 X=  -7.450327864891D-03 Y= 2.714770778965D-03 Z=  -1.047137323671D-01
Frobenius norm of [F,P] =    2.123691D-15 ----------是描述什么的？单位是什么？
Current gradient on entry to l121 ----------是描述什么的?单位是什么？
I= 1 X= 0.000000000000D+00 Y= 0.000000000000D+00 Z=  -6.168848482799D-03
I= 2 X= 0.000000000000D+00 Y= 0.000000000000D+00 Z= 2.765958500766D-03
I= 3 X= 7.689313016146D-06 Y= 0.000000000000D+00 Z= 1.182340274514D-03
I= 4 X=  -3.844451335416D-06 Y=  -6.657904818963D-06 Z= 1.182340449645D-03
I= 5 X=  -3.843954723276D-06 Y= 6.658191538667D-06 Z= 1.182340449645D-03
I= 6 X= 0.000000000000D+00 Y= 0.000000000000D+00 Z=  -1.441311917709D-04

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-1-27 16:51
再补充一点
Summary information for step    0
Time (fs)    0.000000
EKinC    =    0.1000000; EKinPA =    0.0000000; EKinPB =    0.0000000
EKin    =    0.1000000; EPot =    0.0424303; ETot =    0.1424303
ETot-EKinP =    0.1424303
Integrand for the Velocity-Velocity Auto-Correlation  Function = 1.875165884684D-01
Angular momentum
JX =  0.5354349475D-13  JY = -0.6119176536D-13  JZ = -0.7359657037D-14
Jtot =  0.8164252893D-13 H-BAR;  J (Quantum Number) =  0.0000000000D+00
Total energy 1.424302843D-01 A.U.
Total angular momentum 8.164253D-14 h-bar
Tr(PA)-NA = -4.441D-15
Tr(PA**2-PA) = -6.217D-15
Tr[(PA**2-PA)**2] =  2.116D-16
Tr(PB)-NB =  3.553D-15
Tr(PB**2-PB) =  3.553D-15
Tr[(PB**2-PB)**2] =  1.989D-16
Cartesian coordinates: ----------跟初始坐标差别挺大的，原因是什么？
I= 1 X= 0.000000000000D+00 Y= 0.000000000000D+00 Z= 5.742058886893D+00
I= 2 X= 0.000000000000D+00 Y= 0.000000000000D+00 Z= 3.693509644025D+00
I= 3 X=  -1.931390739074D+00 Y= 0.000000000000D+00 Z= 6.424908628216D+00
I= 4 X= 9.656953695372D-01 Y= 1.672633449877D+00 Z= 6.424908628216D+00
I= 5 X= 9.656953695372D-01 Y=  -1.672633449877D+00 Z= 6.424908628216D+00
I= 6 X= 0.000000000000D+00 Y= 0.000000000000D+00 Z=  -5.755121020403D+00
MW Cartesian velocity--------------------感觉这个才是是原子初始的质量加权笛卡尔速度？不确定，单位是？
I= 1 X=  -5.221249413169D+13 Y=  -5.677815764071D+13 Z=  -2.066213619163D+13
I= 2 X= 1.394847384944D+14 Y= 4.426775937225D+13 Z= 1.367062020509D+13
I= 3 X=  -1.743830650957D+13 Y= 1.805533178926D+14 Z= 1.225194878119D+14
I= 4 X=  -7.180746158116D+13 Y= 2.812417586915D+13 Z= 1.406033014533D+14
I= 5 X= 1.596075614346D+14 Y=  -6.784011882900D+13 Z= 2.116633187409D+14
I= 6 X=  -7.450327864891D+12 Y= 2.714770778965D+12 Z=  -1.047137323671D+14

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-28 01:26
MW就是质权。
凡是量化程序里没写单位的情况，一般都是a.u.。所以坐标也是，看看和你输入的坐标是不是相差0.5292倍数。
Scaled就是给所有随机生成的速度统一乘上一个倍数，目的大抵是让实际速度和所设的核动能相对应。
我没仔细看过ADMP的原理，但核动能显然是主导体系运动的关键，所以只默认设了NKE，电子密度的动能应该是随着模拟的进行自发地调整的。

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-1-28 17:06
1#的数据应该是比例因子参数，就是您说的那样。
2#的Cartesian coordinates跟初始坐标没有看出来是0.5292的倍数，0.5292您是怎么得到的？
这是初始坐标
C                0.00000000 0.00000000 6.08404557
H                0.00000000 0.00000000 5.00000000
H                -1.02204796 0.00000000 6.44539409
H                0.51102398 0.88511950 6.44539409
H                0.51102398 -0.88511950 6.44539409
O                0.00000000 0.00000000 0.00000000我把2#的Cartesian coordinates保存成gjf文件后查看，感觉像是把初始坐标拉伸了，见附件！

关于2#的MW Cartesian velocity
I= 1 X=  -5.221249413169D+13 Y=  -5.677815764071D+13 Z=  -2.066213619163D+13
I= 2 X= 1.394847384944D+14 Y= 4.426775937225D+13 Z= 1.367062020509D+13
I= 3 X=  -1.743830650957D+13 Y= 1.805533178926D+14 Z= 1.225194878119D+14
I= 4 X=  -7.180746158116D+13 Y= 2.812417586915D+13 Z= 1.406033014533D+14
I= 5 X= 1.596075614346D+14 Y=  -6.784011882900D+13 Z= 2.116633187409D+14
I= 6 X=  -7.450327864891D+12 Y= 2.714770778965D+12 Z=  -1.047137323671D+14这一部分应该就是初始的每个原子的质量加权笛卡尔速度，因为对于氧来说，若沿坐标轴的运动速度是0.5埃/飞秒，约为4.01×10^15 amu^1/2 *Bohr/秒，
2#的MW Cartesian velocity中的原子速度大概为0.01～0.1埃/飞秒之间。

如若不是的话，如何手动添加每个原子（如甲烷）在每个轴上的质量加权笛卡尔速度？有什么规则吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-28 23:48
0.5292就是波尔和埃的转换因子。很明显你的图中键长的变化就是因为单位转换问题。输出数据中没看到比例关系大抵是高斯自动调整了朝向。

作者
Author: diaolanxinyu 时间: 2015-1-29 10:06
谢谢sobereva老师！

2#的MW Cartesian velocity
这一部分应该就是初始的每个原子的质量加权笛卡尔速度，单位是amu^1/2 *Bohr/秒，呵呵

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