计算化学公社

标题: amber视图问题 [打印本页]

作者
Author: 逸香剑客 时间: 2017-10-11 09:11
标题: amber视图问题
各位大神，我用amber跑完动力学之后，我的配体一半在盒子里边，一半在盒子外边。我想处理一下结构，让我的配体作为盒子的中心：
cpptraj
center :50
run
trajout my_stru.pdb
run
可是得到的结构去vmd里边看，还是和没弄之前一样。请问各位大神，这样做不对吗？谢谢。

作者
Author: beyond 时间: 2017-10-11 18:11
可以加上 autoimage这个命令

作者
Author: 逸香剑客 时间: 2017-10-12 07:53

beyond 发表于 2017-10-11 18:11
可以加上 autoimage这个命令

谢谢！
cpptraj
center :50
autoimage :50
image center :50
run
trajout my_stru.pdb
run
还是没什么变化

作者
Author: beyond 时间: 2017-10-12 21:30
你可以先试试：

trajin *nc

autoiamge

trajout XXX.nc

然后查看XXX.nc，如果还是这样，那么有可能就是你的配体跑出了
蛋白的口袋

作者
Author: 逸香剑客 时间: 2017-10-12 21:44

beyond 发表于 2017-10-12 21:30
你可以先试试：

trajin *nc

谢谢！完美回答了我的问题。问题出在，不能直接转换为pdb文件，而需要先转换为amber格式的文件，然后再转换为pdb文件。

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