计算化学公社

标题: Amber14安装问题 [打印本页]

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-9 15:55
标题: Amber14安装问题
在按照社长的文章安装Amber14：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ight=Amber14&page=1在串行编译下载补丁的时候出现了这个问题，如图所示：
向各位老师请教一下接下来该怎么办

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-9 16:01
装个新点的ambertools试试，17都有了

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-9 16:05

sobereva 发表于 2017-10-9 16:01
装个新点的ambertools试试，17都有了

恩好的谢谢社长我试试看

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-9 16:54

sobereva 发表于 2017-10-9 16:01
装个新点的ambertools试试，17都有了

社长，我装了Ambertools17的但还是出现了一样的问题

作者
Author: 薛定谔的猫 时间: 2017-10-9 18:06
直接解压amber，不需要在解压了amber以后在解压ambertools,然后安装

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-9 19:56

薛定谔的猫发表于 2017-10-9 18:06
直接解压amber，不需要在解压了amber以后在解压ambertools,然后安装

amber压缩包里面就没有configure这个文件啊，那应该怎么弄呢？

作者
Author: 薛定谔的猫 时间: 2017-10-9 21:20

huhuhu 发表于 2017-10-9 19:56
amber压缩包里面就没有configure这个文件啊，那应该怎么弄呢？

不会吧，我解压了amber16，发现里面有啊，而且amber16解压以后本身就有ambertools文件夹，你的amber是啥

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-9 22:09

薛定谔的猫发表于 2017-10-9 21:20
不会吧，我解压了amber16，发现里面有啊，而且amber16解压以后本身就有ambertools文件夹，你的amber是啥

解压后只有benchmarks src test 还有两个文本。是从社长的一篇文章给的链接下载的
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... amp;highlight=Amber
你解压的那个是Ambertools的压缩包吧？能给个联系方式吗？好好向您请教请教

作者
Author: 薛定谔的猫 时间: 2017-10-10 09:39

huhuhu 发表于 2017-10-9 22:09
解压后只有benchmarks src test 还有两个文本。是从社长的一篇文章给的链接下载的
http://bbs.keinsci.c ...

amber官网的amber16的tar压缩吧

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-10 17:31

薛定谔的猫发表于 2017-10-10 09:39
amber官网的amber16的tar压缩吧

我从官网自己也下了一个试了试然后又出现这样的问题
NOTE: update_amber only updates the raw source code! You must recompile if you want
   any changes to take effect!

AMBER_PREFIX=/home/zhoulin/amber14
AMBER_SOURCE=/home/zhoulin/amber14

Error: The X11 libraries are not in the usual location !
   To search for them try the command: locate libXt
   On new Fedora OS's install the libXt-devel libXext-devel
   libX11-devel libICE-devel libSM-devel packages.
   On old Fedora OS's install the xorg-x11-devel package.
   On RedHat OS's install the XFree86-devel package.
   On Ubuntu OS's install the xorg-dev and xserver-xorg packages.

      ...more info for various linuxes at ambermd.org/ubuntu.html

   To build Amber without XLEaP, re-run configure with '-noX11:
         ./configure -noX11 intell
Configure failed due to the errors above!

作者
Author: 薛定谔的猫 时间: 2017-10-11 18:28

huhuhu 发表于 2017-10-10 17:31
我从官网自己也下了一个试了试然后又出现这样的问题
NOTE: update_amber only updates the raw source ...

缺库，我觉得这问题你可以直接去公社群里问了

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-10-12 00:48
建議直接參考Amber17的官方使用手冊
我照著指示複製貼上就裝好了
我用的是ubuntu 16.04.

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-12 11:27

HarrisLin 发表于 2017-10-12 00:48
建議直接參考Amber17的官方使用手冊
我照著指示複製貼上就裝好了
我用的是ubuntu 16.04.

恩我试试看请问你是虚拟机上装的吗？
现在是试了好几个版本了虚拟机上安装的时候各种其他问题解决一个又有一个 icc装过了还是could not be found

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-10-12 11:33

huhuhu 发表于 2017-10-12 11:27
恩我试试看请问你是虚拟机上装的吗？
现在是试了好几个版本了虚拟机上安装的时候各种其他问题解决 ...

啊我是用實體安裝
電腦兩顆硬碟搞雙作業系統
個人感覺虛擬機蠻容易出問題
最初我也是想弄虛擬但是失敗幾次後
就去買塊硬碟回來搞雙碟雙系統了

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-12 11:42

HarrisLin 发表于 2017-10-12 11:33
啊我是用實體安裝
電腦兩顆硬碟搞雙作業系統
個人感覺虛擬機蠻容易出問題

恩好的谢谢我按官网的试试有问题了再向您请教

作者
Author: stecue 时间: 2017-10-12 11:52
icc如果自己装，编译起来挺麻烦。如果有MKL，直接用GCC就行。

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-16 11:45

HarrisLin 发表于 2017-10-12 11:33
啊我是用實體安裝
電腦兩顆硬碟搞雙作業系統
個人感覺虛擬機蠻容易出問題

谢谢你啊我按照这个装好了但是照着麻黄素例子操作的时候发现命令不能执行
我输入 antechamber -i Ephedrine.pdb -fi pdb -o Ephedrine.prepin -fo prepi -c bcc -s 2
但是显示 antechamber：未找到命令
请问您遇到过这种问题么？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-10-16 17:44

huhuhu 发表于 2017-10-16 11:45
谢谢你啊我按照这个装好了但是照着麻黄素例子操作的时候发现命令不能执行
我输入 antechamber -i Ephe ...

amber可执行文件的目录没有添加到PATH环境变量

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-10-16 23:05
如果你有照著安裝步驟完全裝完
一開始啟動的時候要
先用終端進去amber16安裝檔案的資料夾
source amber16.sh
然後你可以用antechamber試試看amber是否有啟用
有啟用的話會跳出說明文字
這時候就可以從這個資料夾離開去其他資料夾使用amber
(每次新啟用終端都要來一次和GMX不同)

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-17 11:30

sobereva 发表于 2017-10-16 17:44
amber可执行文件的目录没有添加到PATH环境变量

谢谢社长加了之后就好了

作者
Author: huhuhu 时间: 2017-10-17 11:31

HarrisLin 发表于 2017-10-16 23:05
如果你有照著安裝步驟完全裝完
一開始啟動的時候要
先用終端進去amber16安裝檔案的資料夾

恩非常感谢可以用了

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)