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标题: mdp设置中walls参数的设置和作用 [打印本页]

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-9-30 12:41
标题: mdp设置中walls参数的设置和作用
老师们好，我是做固液界面吸附研究的，因为是单面吸附，考虑到pbc=xyz的话会有影响，请问这种情况是不是把z轴扩大到xy的三倍以上就能解决呢？如果设置pbc=xy,需要和walls连用，请问这个walls参数一般是怎么设置的？有没有书里讲这个设置的原理什么的？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-30 14:43
这和把z扩大到xy的几倍没必然关系，液相区域长度够大就行。与其用wall还不如增大液相区域，用双面。而且两面数据一起统计，还可以减小统计误差。

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-9-30 14:52

sobereva 发表于 2017-9-30 14:43
这和把z扩大到xy的几倍没必然关系，液相区域长度够大就行。与其用wall还不如增大液相区域，用双面。而且两 ...

老师是说z方向上足够长么？一般判断标准是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-30 14:57

苏玖染发表于 2017-9-30 14:52
老师是说z方向上足够长么？一般判断标准是什么？

对于小的液体分子，最起码使得固体的上表面和镜像的下表面距离有3nm，避免一个液体分子同时受到两头的作用。如果是大的液体分子，尺寸还得大一些

作者
Author: 苏玖染 时间: 2017-9-30 15:31

sobereva 发表于 2017-9-30 14:57
对于小的液体分子，最起码使得固体的上表面和镜像的下表面距离有3nm，避免一个液体分子同时受到两头的 ...

好的，谢谢sob老师！

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