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标题: NEB插点计算后的过渡态结构再优化不能收敛 [打印本页]

作者
Author: lyli 时间: 2017-9-27 11:56
标题: NEB插点计算后的过渡态结构再优化不能收敛
请问各位大神，将NEB插点计算出来的过渡态结构，算频率之前优化，但是优化收敛不了有哪些解决方案？
不如EDIFFG=-0.05这个值如果绝对值加大，结果可信否？或者其他一些常见的解决方案？
INCAR如下:

ISTART =0
ICHARG =2
ENCUT=400
GGA = PE
POTIM =0.05
LPLANE = .TRUE.
LREAL  = Auto
PREC = Normal
EDIFF  = 1e-4
ALGO  = Fast
NELM=  75
NELMIN = 6
ISIF = 0
ISPIN  = 2
EDIFFG =-0.05
NSW = 1200
IBRION = 1
ISMEAR = 1
SIGMA  = 0.2
LORBIT =11
LWAVE  = .FALSE.
LCHARG= .FALSE.

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-28 06:13

将NEB插点计算出来的过渡态结构，算频率之前优化

不能够很明白你的意思，为什么要单独优化过渡态的结构？你可能得进一步解释下。原则上对过渡态直接用一般构型优化算法优化会得到反应物或者产物，若对过渡态精修则需要特定的算法。

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-9-28 08:16

卡开发发发表于 2017-9-28 06:13
不能够很明白你的意思，为什么要单独优化过渡态的结构？你可能得进一步解释下。原则上对过渡态直接用一般 ...

我理解的意思是楼主需要对过渡态结构做频率分析以确定有一个虚频，这是计算化学计算反应过渡态的常规方法

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-28 08:19

jiangning198511 发表于 2017-9-28 08:16
我理解的意思是楼主需要对过渡态结构做频率分析以确定有一个虚频，这是计算化学计算反应过渡态的常规方法

他的INCAR可不是这个意思，只是一个优化构型的，即便调用phonopy也应该是IBRION=-1;NSW=0。我猜测他应该是要精修过渡态，但是用的却是普通的构型优化办法。

作者
Author: jiangning198511 时间: 2017-9-28 08:48

卡开发发发表于 2017-9-28 08:19
他的INCAR可不是这个意思，只是一个优化构型的，即便调用phonopy也应该是IBRION=-1;NSW=0。我猜测他应该 ...

去年参加过一个培训班，培训老师就说用NEB找到的TS结构要再优化一下，好像INCAR与楼主写的类似。不知道这种方法是否合理

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-28 10:38
本帖最后由卡开发发于 2017-9-28 10:41 编辑

jiangning198511 发表于 2017-9-28 08:48
去年参加过一个培训班，培训老师就说用NEB找到的TS结构要再优化一下，好像INCAR与楼主写的类似。不知道这 ...

这个问题可以讨论下，我的观点是不能采用一般的构型优化方法来做：
（1）比如拟牛顿法的近似Hessian如果是正定性的，那么优化不到过渡态。
（2）CG方法处理鞍点也得通过特定的约束和预条件，但这样的算法我不是很了解。
要精修过渡态结构，实际上可以：
（1）如果给定精确Hessian（或精确的Partial Hessian）的初始结构，可以采用修正本征值的方法（比如PRFO）来优化过渡态，但必要情况可能需要每一步都计算精确的Hessian（如Gaussian里面的CalcAll）。
（2）通过NEB本身其实也可以精修，完全可以采用已经得到的path提高标准做。
（3）也可以采用Dimer方法从现有得到的过渡态向反应物、产物两个方向搜索。

作者
Author: lyli 时间: 2017-9-29 13:51

jiangning198511 发表于 2017-9-28 08:16
我理解的意思是楼主需要对过渡态结构做频率分析以确定有一个虚频，这是计算化学计算反应过渡态的常规方法

是想精修过渡态。。

作者
Author: lyli 时间: 2017-9-29 13:51

卡开发发发表于 2017-9-28 08:19
他的INCAR可不是这个意思，只是一个优化构型的，即便调用phonopy也应该是IBRION=-1;NSW=0。我猜测他应该 ...

是的。。想精修过渡态

作者
Author: lyli 时间: 2017-9-29 13:53

jiangning198511 发表于 2017-9-28 08:48
去年参加过一个培训班，培训老师就说用NEB找到的TS结构要再优化一下，好像INCAR与楼主写的类似。不知道这 ...

能把INCAR 贴出来嘛。。谢谢。。就是TS的结构想再优化一下。。。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-9-29 14:03

lyli 发表于 2017-9-29 13:53
能把INCAR 贴出来嘛。。谢谢。。就是TS的结构想再优化一下。。。

精修不能采用简单的构型优化方法，这个在上面的帖子做了阐明了，你也可以参考Sob的帖子http://sobereva.com/44，里面基本上都有提到。

对于NEB方法精修，你可以参考帖子10.6.2的方法实际上无须增加image数，你可以在原有的path上掐掉反应物和产物的image，然后分别剩下的image的两个端点分别对原有过渡态进行插值拼接，提高精度进行计算。你要是熟悉Perl脚本的话，理论上对VTST的NEB直接修改难度也不大。

作者
Author: lyli 时间: 2017-9-29 17:13

卡开发发发表于 2017-9-29 14:03
精修不能采用简单的构型优化方法，这个在上面的帖子做了阐明了，你也可以参考Sob的帖子http://sobereva.c ...

谢谢~~

作者
Author: sky 时间: 2017-9-29 19:48
NEB算过渡态是个很粗糙的方法，而且计算量大。先用NEB找到大致的过渡态构型，在用dimer精修，非常有效。

作者
Author: sky 时间: 2017-9-29 19:49
做这么久NEB基本没有收敛过的，不必等到收敛

作者
Author: lyli 时间: 2017-9-29 20:42

sky 发表于 2017-9-29 19:49
做这么久NEB基本没有收敛过的，不必等到收敛

谢谢大神~

作者
Author: 小书童 时间: 2017-11-5 17:43

sky 发表于 2017-9-29 19:48
NEB算过渡态是个很粗糙的方法，而且计算量大。先用NEB找到大致的过渡态构型，在用dimer精修，非常有效。

如果按照您说的先NEB计算再用Dimer计算，那么您觉得第一步的NEB计算收敛标准多少合适呢？0.1吗？

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