计算化学公社

标题: 请教：使用什么样的软件画charge density？ [打印本页]

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2017-9-25 16:06
标题: 请教：使用什么样的软件画charge density？
各位好，我想画一个类似下面的charge density的图，有两个问题想请假：
1.这种图是用什么软件画的呢？
2.我用cp2k得到一个.cube文件（附件中），可以通过什么软件做出这样的图呢？
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-25 21:25
原理上用Multiwfn可以，把settings.ini里iuserfunc设-1（目的是令自定义函数对应格点数据插值的函数），再启动Multiwfn，载入cube文件，然后用主功能4绘制用户自定义函数的等值线图。但是你的cube文件里格点数据原点和原子位置貌似不对应，还没法直接这么操作。
PS：上传cube等ASCII型文件时建议先压缩下以节约论坛空间。

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2017-9-25 22:08

sobereva 发表于 2017-9-25 21:25
原理上用Multiwfn可以，把settings.ini里iuserfunc设-1（目的是令自定义函数对应格点数据插值的函数），再 ...

谢谢老师的回答。
不好意思，我没注意到文件大小，以后会注意的。
sob老师您说的格点数据原点和原子位置不对应，是因为我的原子坐标不是在0为中心取造成的么？同时我试过把cube文件放入Multiwfn中，主功能4下面没有出现像手册中讲的等值线图（选项4），这个怎样解决呢？

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2017-9-25 22:18

sobereva 发表于 2017-9-25 21:25
原理上用Multiwfn可以，把settings.ini里iuserfunc设-1（目的是令自定义函数对应格点数据插值的函数），再 ...

4
-10 Return to main menu
-2 Obtain of deformation property
-1 Obtain of promolecule property
0 Set custom operation
8 Electrostatic potential from nuclear charges
14 Reduced density gradient(RDG) with promolecular approximation
16 Sign(lambda2)*rho with promolecular approximation
100 User defined real space function, iuserfunc= -1
sob老师，回复好像不能贴图，上面是我复制的主功能4下面的选项

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-25 22:24

wudazhuang509 发表于 2017-9-25 22:18
4
-10 Return to main menu
-2 Obtain of deformation property

你先选100（自定义函数），然后才会让你选择作图类型。平面图的绘制例子参考手册4.4节

可以贴图，见置顶的新人必读里关于贴图方式的说明。

在Multiwfn主功能0里可以直接看cube文件等值面，会看到等值面分布明显严重偏离原子坐标。用VMD看也是一样的问题。至于CP2K的设置我不太清楚。

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2017-9-26 18:55

sobereva 发表于 2017-9-25 22:24
你先选100（自定义函数），然后才会让你选择作图类型。平面图的绘制例子参考手册4.4节

可以贴图，见置 ...

谢谢老师，可以了。
我看您又在其他帖子里面回复VMD中选取一些原子或者分子，我想请问下，怎样只在我选的原子或者分子附近画分子轨道呢？就像贴上去的图。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-27 11:26

wudazhuang509 发表于 2017-9-26 18:55
谢谢老师，可以了。
我看您又在其他帖子里面回复VMD中选取一些原子或者分子，我想请问下，怎样只在我选 ...

如果你只想显示某些原子贡献的MO部分，看此文，在Multiwfn里可以选择去掉某些原子的贡献
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)