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标题: 关于PDB中小分子成键的疑问 [打印本页]

作者
Author: azero 时间: 2017-9-24 17:33
标题: 关于PDB中小分子成键的疑问
正准备进行蛋白（蛋白包裹着小分子辅基）与底物复合物的分子动力学模拟
然后发现小分子辅基中某碳原子C1上有两个氧原子O1，O2
碳原子与两个氧原子分别形成一单键，一双键
但C1是与01，还是O2形成单键无法判断（C2情况相同）
这影响加氢了

于是到RCSB网页，利用网页自带的软件查看成键情况
但利用高斯测定它们的键长后，发现
C1-O1键长为1.40515，C1=O2键长为1.53305
C2-O3键长为1.3554，C2=O4键长为1.50019
一般来说，双键比单键更短才对。。感觉矛盾了
该PDB为1.9埃。

1、RCSB中自带软件显示的单双键是正确的么？
2、PDB中有木有包含单双键信息？

麻烦各位解答下~

作者
Author: abdoman 时间: 2017-9-24 20:20
图看得不太清楚，这个碳C2 有几个键？

作者
Author: azero 时间: 2017-9-24 23:27
本帖最后由 azero 于 2017-9-24 23:40 编辑

abdoman 发表于 2017-9-24 20:20
图看得不太清楚，这个碳C2 有几个键？

发现看错了，不是碳原子，C1和C2都是 P原子， P1和P2旁边都是4个氧原子。都有一个氧原子与P1和P2形成双键

作者
Author: azero 时间: 2017-9-24 23:51
本帖最后由 azero 于 2017-9-24 23:56 编辑

更新一下问题，上面元素搞错了，不是C，是P。。。好像修改不了，所以另起一层

处理小分子主要是为了加氢和创建用antechamber创建力场
。。。
该小分子利用RCSB网页自带的软件查看单双键成键情况如图所示，但用高斯测定它们的键长后，发现
P1-O1键长为1.40515，P1=O2键长为1.53305
P2-O3键长为1.3554，P2=O4键长为1.50019
一般来说，双键比单键更短才对。。感觉矛盾了该PDB为1.9埃。

1、RCSB中自带软件显示的单双键是正确的么？
2、PDB中有木有包含单双键信息？

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作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-25 07:59
pdb文件里CONECT字段只体现原子是怎么连接的，不体现键级，但是mol2格式包含键级信息
你的二维结构图的单双键是对的

作者
Author: azero 时间: 2017-9-25 09:33
本帖最后由 azero 于 2017-9-25 09:38 编辑

sobereva 发表于 2017-9-25 07:59
pdb文件里CONECT字段只体现原子是怎么连接的，不体现键级，但是mol2格式包含键级信息
你的二维结构图的单 ...

哦哦。。。既然PDB不包含键级，那怎么断成单键还是双键？图中P与一个氧形成双键（P=O），一个形成单键（P-OH），
二维图是百度出的小分子的二维图
如果无法判断成键情况就无法判断是给O1还是O2加氢吧

上面的图可能不太好看，再抠出来

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作者
Author: abdoman 时间: 2017-9-25 20:48
可以试试自动加氢软件，比如H++:
http://biophysics.cs.vt.edu/

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-25 21:12

azero 发表于 2017-9-25 09:33
哦哦。。。既然PDB不包含键级，那怎么断成单键还是双键？图中P与一个氧形成双键（P=O），一个形成单键（P ...

给谁加无关大碍，如果真是一个P-O长一个短，差异明显，给长的加

作者
Author: azero 时间: 2017-9-26 00:04

abdoman 发表于 2017-9-25 20:48
可以试试自动加氢软件，比如H++:
http://biophysics.cs.vt.edu/

作者
Author: azero 时间: 2017-9-26 00:07

sobereva 发表于 2017-9-25 21:12
给谁加无关大碍，如果真是一个P-O长一个短，差异明显，给长的加

嗯嗯。。sob老师啊，还有一个问题。记得AnteChamber创建小分子力场时，好像可以忽略键级？

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