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标题: Castep在linux上的单机多核并行计算问题。 [打印本页]

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Author: 子水水 时间: 2017-9-23 10:52
标题: Castep在linux上的单机多核并行计算问题。
各位老师，你们好。最近在linux安装MS后，使用castep模块时候，发现无法调用多个核使用，只能使用一个核使用，效率很低，查阅资料也没有解决。问题具体如下：操作系统是Centos 6.5，戴尔r720工作站，双CPU20核，开了超线程（好像就有了40个模拟核），安装了MS7.0 for linux，安装过程很正常。我是直接在linux上计算的（从windows那边拷过来文件），所以是单机运算，使用castep命令计算 ./RunCASTEP.sh seedname 可以出来结果（我用Pd测试的），结果中的castep文件提示不是并行的，但使用./RunCASTEP.sh -np 2 seedname 想使用两个核，则无法计算，强行停止后，所出来的castep文件没有任何计算内容。之前想过是不是要安装MPI软件，但是发现MS里已经安装了MPI软件，查阅相关安装资料，大多是关于集群的配制。因为我的是单机安装，单机计算，所以一直没有找到合适的解决方法。请各位老师指点，

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Author: wuy069 时间: 2017-9-25 21:30
本帖最后由 wuy069 于 2017-9-25 21:33 编辑

MS的standalone模式计算呗，你想并行计算，得有mpd.hosts文件，这个文件跟你输入文件放在一个目录就行
假如你节点名字是node1，想用2核并行计算，那么mpd.hosts文件格式内容如下
node1:2

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Author: 子水水 时间: 2017-9-25 21:49

wuy069 发表于 2017-9-25 21:30
MS的standalone模式计算呗，你想并行计算，得有mpd.hosts文件，这个文件跟你输入文件放在一个目录就行
假 ...

老师，你好，谢谢回复啊。我的是单机运行，没有节点好像。输入-np 2 命令行并行，计算失败之后，会出现mpd.hosts 文件，我打开来看，里面写的是我的计算机名。你是说计算之前新建一个mpd.hosts 文件吗，然后写上参数不，

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Author: wuy069 时间: 2017-9-25 22:22

子水水发表于 2017-9-25 21:49
老师，你好，谢谢回复啊。我的是单机运行，没有节点好像。输入-np 2 命令行并行，计算失败之后，会出现mp ...

MS应该是会给自动给产生mpd.hosts文件的，你看看给产生的mpd.hosts文件是否有多个计算机名或者计算机名：核数。
不过你还是看看你etc/Gateway/root_default/dsd/conf/下面的配置文件有没有问题吧，自己根据别人的帖子或网上的教程配置下

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Author: ykr 时间: 2020-2-18 17:45
我用的是MS2017,我没有遇到这种问题，我直接/opt/DassaultSystemes/BIOVIA/MaterialsStudio17.1/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh $x -np 16就可以了。不需要自己写mpd.hosts文件。当然计算会自动生成这个

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Author: 刘小英雄steven 时间: 2020-3-15 12:03
在MS里find关键词找到conf文件夹，把两个文件里的cpu核心数改了就可以了。

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Author: hxd_yi 时间: 2020-3-15 17:01
RunCASTEP.sh -np nproc seedname，五楼正解。
详见MS的帮助文档CASTEP > CASTEP jobs > Running CASTEP in standalone mode
RunCASTEP.sh [-h] [-np number of cores] [-nt number of threads] [-q queue name] seedname (Linux)

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Author: SSSjjjiao 时间: 2020-9-29 22:39

hxd_yi 发表于 2020-3-15 17:01
RunCASTEP.sh -np nproc seedname，五楼正解。
详见MS的帮助文档CASTEP > CASTEP jobs > Running CASTEP i ...

我这样就是算不起来报错说.sh 有问题，我不加-np 8 就非常慢的计算着。有没有解决办法

作者
Author: SSSjjjiao 时间: 2020-9-29 22:40

刘小英雄steven 发表于 2020-3-15 12:03
在MS里find关键词找到conf文件夹，把两个文件里的cpu核心数改了就可以了。

那两个文件呀 cong 里面有很多个，指的哪两个

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Author: SSSjjjiao 时间: 2020-9-29 22:40

wuy069 发表于 2017-9-25 22:22
MS应该是会给自动给产生mpd.hosts文件的，你看看给产生的mpd.hosts文件是否有多个计算机名或者计算机名： ...

配置文件指的是cong文件夹下面所有的么

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Author: SSSjjjiao 时间: 2020-9-29 22:43

wuy069 发表于 2017-9-25 21:30
MS的standalone模式计算呗，你想并行计算，得有mpd.hosts文件，这个文件跟你输入文件放在一个目录就行
假 ...

就是用的这个模式，本以为按照手册可以运行，
软件是课题组装在服务器的，不是很了解安装
运行确实产生mpd.hosts文件，但是里面有好几行chemo1(服务器名）

作者
Author: 刘小英雄steven 时间: 2020-10-20 10:08

SSSjjjiao 发表于 2020-9-29 22:40
那两个文件呀 cong 里面有很多个，指的哪两个

MaterialsStudio6.0/etc/Gateway/root_default/dsd/conf
修改/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio6.0/etc/Gateway/root_default/dsd/conf文件夹里面两个文件里的CPU数为各节点CPU总数。
gwparams.cfg中 gw_cpucorestotal=24
gw-info.sbd 中 cpucorestotal=24

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Author: SSSjjjiao 时间: 2020-10-20 16:14

刘小英雄steven 发表于 2020-10-20 10:08
MaterialsStudio6.0/etc/Gateway/root_default/dsd/conf
修改/home/msi/Accelrys/MaterialsStudio6.0/et ...

我的如果是48核的机子就写48对么
好像就是48了么

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Author: 刘小英雄steven 时间: 2020-10-22 15:18

SSSjjjiao 发表于 2020-10-20 16:14
我的如果是48核的机子就写48对么
好像就是48了么

有可能是线程数，需要乘以2，你试一试我我转vasp,具体的我不记得了。

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