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标题: 关于计算非键相互作用的疑问 [打印本页]

作者
Author: wx91aaa 时间: 2017-9-4 21:46
标题: 关于计算非键相互作用的疑问
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各位老师好，我有些关于计算非键相互作用的疑问。我的体系组成是中性的苯类物质与氟代有机物。通过DFT计算分子表面电荷，两种物质是有明显的正负静电势分布，也就是说两种物质是能够进行相互作用的。但是当我进行氢键分析的时候，出现如上图所示，有60 donors，490 acceptors，但是没有氢键生成。随后进行energy分析，出现如下图所示。 (, 下载次数 Times of downloads: 46)
我的疑问有两个：
(1) 有donor和acceptors但是没有氢键生成，是否因为体系中氢原子较少。
(2)当分析energy的时候，由于是中性体系，是否就不用计算静电作用能，将LJ-SR和LJ-1-4相加就是非键相互作用能。

谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-4 23:04
hbond命令在统计时O-H和N-H被作为氢键给体，O和N被作为氢键受体，其它的情况不被考虑

“通过DFT计算分子表面电荷”这话不确切，要么是原子电荷，要么是分子表面静电势

中性体系间通常照样有静电相互作用能，毕竟算相互作用是基于原子电荷的，而不是基于分子整体净电荷来算的。

作者
Author: wx91aaa 时间: 2017-9-5 09:13

sobereva 发表于 2017-9-4 23:04
hbond命令在统计时O-H和N-H被作为氢键给体，O和N被作为氢键受体，其它的情况不被考虑

“通过DFT计算分子 ...

谢谢sob老师。是分子表面静电势，谢谢老师指正。

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