计算化学公社

标题: 有没有参数可以表征C-H...Pi 相互作用 [打印本页]

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-9-2 11:52
标题: 有没有参数可以表征C-H...Pi 相互作用
目前MD模拟结果显示分子间有极强的C-H....Pi，请问下哪位研究过C-H....Pi相互作用，有没有什么参数可以表征这种相互作用，或者文献资料推荐，非常感谢！

作者
Author: captain 时间: 2017-9-2 12:11
J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6394-6401
Chemical Physics Letters 2000，318，345–354
Chemical Physics Letters 2003， 378，509–515

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-9-2 15:42

captain 发表于 2017-9-2 12:11
J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6394-6401
Chemical Physics Letters 2000，318，345–354
Chemical Physic ...

非常感谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-2 18:39
可以用Multiwfn基于MD轨迹做aRDG分析，看
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186

这里有水-苯的C-H---pi例子
J. Chem. Theory Comput., 2013, 9 (5), pp 2226–2234

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-9-2 20:10

sobereva 发表于 2017-9-2 18:39
可以用Multiwfn基于MD轨迹做aRDG分析，看
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.co ...

感谢，sob老师。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-9-2 20:23

sobereva 发表于 2017-9-2 18:39
可以用Multiwfn基于MD轨迹做aRDG分析，看
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.co ...

还想问下sob老师，aRDG方法是固定一个分子坐标，这考虑是分子间的相互作用，我要分析一个有机共轭分子分子内的的Pi 部分跟侧链的C-H部分的相互作用，分析aRDG能做到吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-2 21:52

guoy14iccas 发表于 2017-9-2 20:23
还想问下sob老师，aRDG方法是固定一个分子坐标，这考虑是分子间的相互作用，我要分析一个有机共轭分子分 ...

提取有代表性的一些帧，用RDG考察（最好考察前先用量化方法优化一下）
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-9-2 21:59

sobereva 发表于 2017-9-2 21:52
提取有代表性的一些帧，用RDG考察（最好考察前先用量化方法优化一下）
使用Multiwfn图形化研究弱相互 ...

再次谢谢sob老师。

作者
Author: jase20 时间: 2017-9-19 14:42
就借楼主的帖子问一下，PI -PI stacking 是不是可以考虑为pi --H键的作用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-19 21:15

jase20 发表于 2017-9-19 14:42
就借楼主的帖子问一下，PI -PI stacking 是不是可以考虑为pi --H键的作用呢？

完全不是一码事

作者
Author: jase20 时间: 2017-9-20 10:28

sobereva 发表于 2017-9-19 21:15
完全不是一码事

sob老师好，因为我看文献报道的T-SHAPE的stacking看起来和这个C-H..PI 的情况很像，所以就这样问的，请问sob老师有没有关于pi stacking的文献资料可以推荐呢？另外还有一个问题就是，普通的MD模拟可以表现出C-H..PI氢键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-20 11:30

jase20 发表于 2017-9-20 10:28
sob老师好，因为我看文献报道的T-SHAPE的stacking看起来和这个C-H..PI 的情况很像，所以就这样问的，请问 ...

看DOI: 10.1002/anie.200705157
J. Chem. Soc., Dalton Trans., 2000, 3885–3896
T型或许有人管那叫堆积，但不叫pi-pi堆积。pi-pi堆积主要驱动力是靠pi电子云之间的电子相关作用维持的，而你说的C-H---pi是以静电作用为主维持的。

作者
Author: jase20 时间: 2017-9-20 23:32

sobereva 发表于 2017-9-20 11:30
看DOI: 10.1002/anie.200705157
J. Chem. Soc., Dalton Trans., 2000, 3885–3896
T型或许有人管那叫堆 ...

谢谢sob老师

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