计算化学公社

标题: 如何定量描述蛋白口袋的打开（暴露）程度？ [打印本页]

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-9-2 09:52
标题: 如何定量描述蛋白口袋的打开（暴露）程度？
酶的活性口袋被一个loop盖住，这个loop处于开-闭的平衡中，只有loop打开的时候，活性口袋才暴露出来。
请问怎样定量描述这个口袋的打开程度？
我想可以有：loop与对侧口袋壁残基之间的最小距离，口袋残基的溶剂可及表面积（SASA）；请问还可以有其他的描述方法吗？
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-2 10:11
有些程序可以搜索蛋白质的口袋并计算相关的参数，google一搜能找到很多，有独立的程序也有很多在线的工具。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-9-2 21:58
谢谢，请问有没有能对MD轨迹进行逐帧分析计算的，就像DSSP那样？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-2 22:35
这两个可以研究下
https://epock.bitbucket.io/?
http://www.fc.up.pt/PortoBioComp/Software/Volarea/Home.html

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-9-3 10:11
多谢Sob老师

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