计算化学公社

标题: gromacs小分子力场问题求助 [打印本页]

作者
Author: 沙漠猎人 时间: 2017-9-1 15:40
标题: gromacs小分子力场问题求助
请问我用antechamber+acpype生成了小分子配体的力场itp文件，但是在用gromacs添加离子的时候，却报错
Fatal error:
Atomtype c3 not found
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
我看了ligand.itp文件是这样
[ atomtypes ]
;name bond_type    mass    charge ptype sigma       epsilon    Amb
c3    c3       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91  0.1094
c2    c2       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
ce    ce       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
o       o          0.00000  0.00000 A    2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66  0.2100
c       c          0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
hc    hc       0.00000  0.00000 A    2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49  0.0157
ha    ha       0.00000  0.00000 A    2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46  0.0150

[ moleculetype ]
;name          nrexcl
W2A             3

[ atoms ]
; nr  type  resi  res  atom  cgnr    charge    mass    ; qtot bond_type
   1 c3    1 W2A C1 1 -0.177100    12.01000 ; qtot -0.177
   2 c2    1 W2A C2 2    0.597801    12.01000 ; qtot 0.421
   3 ce    1 W2A C3 3 -0.594201    12.01000 ; qtot -0.174
   4 o    1 W2A O4 4 -0.759798    16.00000 ; qtot -0.933
   5 c    1 W2A C5 5    0.590801    12.01000 ; qtot -0.342
   6 c3    1 W2A C6 6 -0.177100    12.01000 ; qtot -0.520
   7 o    1 W2A O7 7 -0.733601    16.00000 ; qtot -1.253
   8 hc    1 W2A H8 8    0.026033    1.00800 ; qtot -1.227
   9 hc    1 W2A H9 9    0.026033    1.00800 ; qtot -1.201
10 hc    1 W2A H10 10    0.026033    1.00800 ; qtot -1.175
11 ha    1 W2A H11 11    0.097000    1.00800 ; qtot -1.078
12 hc    1 W2A H12 12    0.026033    1.00800 ; qtot -1.052
13 hc    1 W2A H13 13    0.026033    1.00800 ; qtot -1.026
14 hc    1 W2A H14 14    0.026033    1.00800 ; qtot -1.000
对照了用PRODRG计算的结果，发现就是atomtype没有识别，请问我应该怎么修改？

作者
Author: qczgzly 时间: 2017-9-1 16:09
检查一下有没有在top文件里

#include "ligand.itp"

作者
Author: 沙漠猎人 时间: 2017-9-1 16:33

qczgzly 发表于 2017-9-1 16:09
检查一下有没有在top文件里

#include "ligand.itp"

在top文件里面，加了的

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-9-1 20:51
[ atomtypes ]
;name bond_type    mass    charge ptype sigma       epsilon    Amb
c3    c3       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 4.57730e-01 ; 1.91  0.1094
c2    c2       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
ce    ce       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
o       o          0.00000  0.00000 A    2.95992e-01 8.78640e-01 ; 1.66  0.2100
c       c          0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
hc    hc       0.00000  0.00000 A    2.64953e-01 6.56888e-02 ; 1.49  0.0157
ha    ha       0.00000  0.00000 A    2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46  0.0150

把这部分内容放到top文件中的#include "ligand.itp" 前面，在试试

作者
Author: gchen001 时间: 2017-9-1 21:04
是不是应该把 .ff 文件拷贝到本地，在 .ff 文件夹中定义原子类型的文件中把 ligand.itp 里的 atomtypes 这一项内容剪切过去。而 ligand.itp 中保留除【atomtype】的所有项，用 include 包含在整个topology文件中。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-1 22:10
atomtypes得放到所有引入的moleculetype的前头。既可以把这些内容合并到力场文件里的atomtypes中，也可以放在top里，会和力场文件里的atomtypes里的内容相累加

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)