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标题: GROMACS模拟萃取过程是否需要进行平衡相模拟 [打印本页]

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Author: wx91aaa 时间: 2017-8-24 22:37
标题: GROMACS模拟萃取过程是否需要进行平衡相模拟
刚接触GROMACS，根据培训班讲义中的萃取过程模拟例子，模拟流程是能量极小化，动力学模拟（10ns），没有进行平衡相MD和产生相MD。请问动力学模拟和平衡相MD、产生相MD有什么区别吗？在做实际体系模拟的时候，直接进行动力学模拟可以吗？谢谢。
还想再问个VMD的着色问题。请问如图不同分子显示不同颜色的效果是如何做到的呢？我试着用serial选择原子种类，然后用CPK着色，但是效果不好，请各位老师指点迷津，谢谢。
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作者
Author: sobereva 时间: 2017-8-25 01:52
“平衡相、产生相”这种步骤是对于计算平衡状态的性质（如密度）而言的。本身萃取这就是个非平衡过程，必然不能分为这么两步。
平衡相是为了让体系从一开始建模建出来的非平衡状态进入充分平衡的状态，然后在产生相对要统计得到的性质进行采样，得到平均值。

通过resname xxx来选择残基名为xxx的分子，coloring method选color ID，设定指定颜色。serial选的是原子序号，不是原子种类。

作者
Author: wx91aaa 时间: 2017-8-25 11:21

sobereva 发表于 2017-8-25 01:52
“平衡相、产生相”这种步骤是对于计算平衡状态的性质（如密度）而言的。本身萃取这就是个非平衡过程，必然 ...

明白了！非常感谢sob老师！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-8 17:57

sobereva 发表于 2017-8-25 01:52
“平衡相、产生相”这种步骤是对于计算平衡状态的性质（如密度）而言的。本身萃取这就是个非平衡过程，必然 ...

老师，请问您，假如我在做完NPT模拟之后，我想求体系的平衡密度，请问我该查哪条命令？感激！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-9 03:17

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-8 17:57
老师，请问您，假如我在做完NPT模拟之后，我想求体系的平衡密度，请问我该查哪条命令？感激！

gmx energy -f后面接上模拟过程的edr文件，选择密度

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-9 08:09

sobereva 发表于 2019-3-9 03:17
gmx energy -f后面接上模拟过程的edr文件，选择密度

谢谢老师！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-9 08:27

sobereva 发表于 2019-3-9 03:17
gmx energy -f后面接上模拟过程的edr文件，选择密度

老师，我按照您的指点找到了密度选项，我想请问您，如果我想查看的是从500K到480K在npt温度下密度的变化的整个过程，我该导出什么文件呢？感谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-9 09:10

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-9 08:27
老师，我按照您的指点找到了密度选项，我想请问您，如果我想查看的是从500K到480K在npt温度下密度的变化 ...

你选择密度，提取出来成为xvg文件，用xmgrace一作图就完了

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-9 09:42

sobereva 发表于 2019-3-9 09:10
你选择密度，提取出来成为xvg文件，用xmgrace一作图就完了

感激不尽！老师

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