计算化学公社

标题: 173个原子金属络合物结构优化的计算方法选择问题 [打印本页]

作者
Author:
lkk    时间: 2017-8-24 09:59
标题: 173个原子金属络合物结构优化的计算方法选择问题
各位大神,我在做一个金属络合物的结构优化,老师说不简化直接计算,有173个原子(Ni,P,C,O,H),具体结构:Ni位于四面体中心,顶点为4个配体(见附件)。尝试用B3LYP/6-31g(d,p),结果算不动。使用PM6,也没有结果。对于这样的体系选择Gaussian中那些方法比较合适???
谢谢!
硬件:4G内存16核

下面是sob老师的帖子,给出的建议
不同尺度弱相互作用体系的最佳计算方法
1 >500个原子:PM6-D3H4结合MOZYME
2 >300个原子:BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J
3 >150个原子:BLYP D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2-TZVP/J
4 >60个原子:BLYP D3 def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J
5 >40个原子:RI-PWPB95 D3 RIJCOSX def2-QZVPP(-g,-f) def2-QZVPP/J def2-QZVPP/C grid4 tightSCF(/J可改用/JK以减小密度拟合的误差)
6 二、三十个原子:RI-PWPB95 D3 RIJK def2-QZVPP def2-QZVPP/JK def2-QZVPP/C grid4 tightSCF
7 十几个原子:CCSD(T)/jul-cc-pVTZ或may-cc-pVQZ
8 <10个原子:CCSD(T)/CBS (aug-cc-pVTZ->QZ外推。想更精确再加上counterpoise校正,耗时将增加近2倍)

2-6用ORCA来做计算,列出的就是在ORCA中实际要写的关键词


作者
Author:
sobereva    时间: 2017-8-24 11:21
由于是配合物,用BP86更合适一点。结合def2-SVP来优化即可
对于ORCA4.0来说就写BP86 def2-SVP def2/J opt
作者
Author:
liyuanhe211    时间: 2017-8-24 15:37
内存好小,着实建议去买两条,现在很便宜了
作者
Author:
liyuanhe211    时间: 2017-8-24 15:39
sobereva 发表于 2017-8-24 11:21
由于是配合物,用BP86更合适一点。结合def2-SVP来优化即可
对于ORCA4.0来说就写BP86 def2-SVP def2/J opt

最低等级的DFT方法里为什么不是def2-SV(P)基组,是不是有潜在的问题?
作者
Author:
sobereva    时间: 2017-8-24 15:52
liyuanhe211 发表于 2017-8-24 15:39
最低等级的DFT方法里为什么不是def2-SV(P)基组,是不是有潜在的问题?

帖子里那个是对弱相互作用计算而言的,没准会有不少氢键,比如算个巨大的水团簇,或者大分子+显式水模型。如果没有氢键可以用def2-SV(P),不过时间也省不了太多,毕竟氢的极化函数对耗时影响远不及重原子的极化那么大
作者
Author:
yezhonghua    时间: 2017-8-25 10:03
给我高斯的计算文件,我可以帮你计算一下卡看,我的是24核心的电脑,你的配置太低了
作者
Author:
lkk    时间: 2017-8-26 09:46
yezhonghua 发表于 2017-8-25 10:03
给我高斯的计算文件,我可以帮你计算一下卡看,我的是24核心的电脑,你的配置太低了

这是linux上的输入文件,如果硬件允许,尝试B3LYP/6-31g(d,p),谢谢!

作者
Author:
lkk    时间: 2017-8-26 09:48
sobereva 发表于 2017-8-24 11:21
由于是配合物,用BP86更合适一点。结合def2-SVP来优化即可
对于ORCA4.0来说就写BP86 def2-SVP def2/J opt

谢谢老师,我试试!
作者
Author:
lkk    时间: 2017-8-29 17:14
yezhonghua 发表于 2017-8-25 10:03
给我高斯的计算文件,我可以帮你计算一下卡看,我的是24核心的电脑,你的配置太低了

怎么样?有结果吗?谢谢!
作者
Author:
yezhonghua    时间: 2017-8-30 08:47
lkk 发表于 2017-8-29 17:14
怎么样?有结果吗?谢谢!

稍等,计算中,上次没有投上
作者
Author:
yezhonghua    时间: 2017-8-30 21:51
lkk 发表于 2017-8-29 17:14
怎么样?有结果吗?谢谢!

SCF未收敛,应该能计算

作者
Author:
lkk    时间: 2017-9-16 15:29
yezhonghua 发表于 2017-8-30 21:51
SCF未收敛,应该能计算

迟到的感谢!





欢迎光临 计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3