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标题: RMSF分析指令問題 [打印本页]

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-7-28 01:03
标题: RMSF分析指令問題
各位前輩好
目前打算利用MD結果對蛋白上的各個胺基酸進行RMSF分析
(, 下载次数 Times of downloads: 43)
(類似這樣子的分析)

參考官方RMSF功能說明 http://manual.gromacs.org/programs/gmx-rmsf.html
使用的指令是 gmx rmsf -f md_noPBC.xtc -s md.tpr -o rmsf.xvg
不過我不太明白要如何修改指令讓他分析"蛋白上的各個胺基酸"
因為如果用index的方法得每個蛋白做400次然後重複八組感覺也太原始

官方說明裡有一項是
-[no]res (no)Calculate averages for each residue以及三年前有一封回信是 http://thread.gmane.org/gmane.science.biology.gromacs.user/66855
> what if i want do measure RMSF per residue?g_rmsf -o -res-Justin
但我嘗試過直接加上 -[no]res / -o -res都是會跳錯誤的想請問該如何做才對呢?謝謝

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-28 09:02
原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r
http://sobereva.com/32

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