计算化学公社

标题: 如何gmx 中使用resp 电荷？ [打印本页]

作者
Author: xpyp 时间: 2017-7-24 16:30
标题: 如何gmx 中使用resp 电荷？
请问，用acpype处理小分子采用gaff力场时，如何获得采用resp电荷的 lig.itp 文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-25 00:35
acpype没法直接产生RESP电荷，你需要用antechamber或其它工具（如R.E.D.）算出RESP电荷，然后手动把itp文件里的电荷替换

2019-May-15补充：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速和方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

作者
Author: xpyp 时间: 2017-7-25 23:14

sobereva 发表于 2017-7-25 00:35
acpype没法直接产生RESP电荷，你需要用antechamber或其它工具（如R.E.D.）算出RESP电荷，然后手动把itp文件 ...

用 acpype产生的配体的 itp 文件, 部分内容如下：
[ atomtypes ]
;name bond_type    mass    charge ptype sigma       epsilon    Amb
ca    ca       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
。。。。

[ moleculetype ]
;name          nrexcl
lig                3

[ atoms ]
; nr  type  resi  res  atom  cgnr    charge    mass    ; qtot bond_type
   1 ca    1 KP1 C1 1 -0.233300    12.01000 ; qtot -0.233
   2 ca    1 KP1 C2 2 0.586201    12.01000 ; qtot 0.353
。。。。

更改为resp电荷时，是否只需更改〔atoms] 下的 charge 这一列，其它都不变呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-26 02:12

xpyp 发表于 2017-7-25 23:14
用 acpype产生的配体的 itp 文件, 部分内容如下：
[ atomtypes ]
;name bond_type mass char ...

是

作者
Author: xpyp 时间: 2017-7-26 08:59
谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)