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标题: gromacs自定义文件出错 [打印本页]

作者
Author: 浅原问问 时间: 2017-7-18 10:42
标题: gromacs自定义文件出错
老师好，我做指定的一对离子液体之间的距离随时间变化的函数图时，首先生成了index.ndx文件来指定我想要的原子序号的group，也就是这张图里面的group 4（第15号BF4），和group 5（第666号阳离子）。我想做group4和group5的距离关系，可是总是出现这样的错误提示（更换其他原子序号也不行），请问老师这是什么意思呢？该怎么解决呢？谢谢老师！

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Author: G、sir 时间: 2017-7-18 19:48
你这个组里有5个原子，没法算距离， mol_com 加个质心选项

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Author: 浅原问问 时间: 2017-7-19 10:22

G、sir 发表于 2017-7-18 19:48
你这个组里有5个原子，没法算距离， mol_com 加个质心选项

老师您好，非常感谢！麻烦您帮我看看命令是这样的吗：gmx_mpi distance -f md.trr -s md.tpr -n index.ndx -selrpos mol_com -oav distave.xvg.可我这样写的命令还是有那样的提示，辛苦您了老师。

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