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标题: Vina对接的结果如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便导入LigPlus进行分析？ [打印本页]

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Author: 鸢翔flybird 时间: 2017-7-4 16:03
标题: Vina对接的结果如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便导入LigPlus进行分析？
Autodock 4对接的结果(输出文件格式为xxx.dlg)可以用write complex功能与目标蛋白分子一起存成一个pdbqt文件，但Vina对接的结果（输出文件格式为xxx_vina.pdbqt）无法使用conformation里的write complex功能，那么该如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便导入LigPlus进行分析？尝试过用Pymol将两个文件合并另存为一个pdbqt文件，但发现LigPlus无法读取，不知缘由

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Author: therotyonth 时间: 2017-10-9 11:26
如果配体部分没有柔性的话可以直接将初始的配体文件后面加上受体分子的坐标文件即可。同时为pdbqt格式或者同时为pdb文件。

作者
Author: astrozheng 时间: 2017-10-11 21:49
一般来说，结构文件都是纯文本的，理论上只要把两个文件拼在一起就好了（例如： cat file1 file2 > fileout），但是需要了解结构文件的格式。

以PDB文件为例，两个文件拼接一起的时候，要去掉非最尾行的ENDMDL，如果用这么一行的话。PDBQT文件也是类似。

所以，你的问题的一个解决方法是：
用Openbabel把两个PDBQT文件分别转成PDB文件，再拼在一起。

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