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标题: 含硼化合物拓扑制作 [打印本页]

作者
Author: potions 时间: 2017-6-14 22:16
标题: 含硼化合物拓扑制作
最近手里有一个复合物体系要用AMBER跑MD，怎奈小分子中含有硼原子，sqm没法制得小分子的拓扑文件。。。
特发帖请问各位计算大神，有什么方法可以制作含硼化合物的拓扑文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-16 01:31
自己拟合参数吧，amber手册里明确写了不支持硼
要么换成gmx，试试OBGMX能不能产生此分子的gmx拓扑文件（参见http://sobereva.com/266）

作者
Author: potions 时间: 2017-6-19 15:13

sobereva 发表于 2017-6-16 01:31
自己拟合参数吧，amber手册里明确写了不支持硼
要么换成gmx，试试OBGMX能不能产生此分子的gmx拓扑文件（参 ...

谢谢sob老师的建议！可否追问一下，如果手动拟合参数，具体需要怎么做呢？因为之前从来没有做过，有没有参考教程之类呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-19 16:13

potions 发表于 2017-6-19 15:13
谢谢sob老师的建议！可否追问一下，如果手动拟合参数，具体需要怎么做呢？因为之前从来没有做过，有没有 ...

几句话说不清楚，这是个坑，你google搜搜，能找到一些教程，一些力场原文里也会介绍他们是怎么做的

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