计算化学公社

标题: multiwfn说明书中关于计算ESP的一个小问题 [打印本页]

作者
Author: huanyizhen 时间: 2015-1-13 15:32
标题: multiwfn说明书中关于计算ESP的一个小问题
Boot up Multiwfn and input following commands
examples\N-phenylpyrrole.fch
12
5 // Load data of mapped function (viz. ESP in this example) from external file rather than
directly calculate them via Multiwfn during the surface analysis
2 // This option is specific for cubegen
0 // Start analysis
Multiwfn will calculate electron density and generate surface vertices as usual, then the
coordinate (in Angstrom) of all surface vertices will be outputted to cubegenpt.txt in current folder.
Now we invoke cubegen to calculate ESP at these points. Run the command like below in
console window. (Beware that the N-phenylpyrrole.fch provided herein may or may not be
incompatible with your cubegen version)
cubegen 0 potential N-phenylpyrrole.fch result.cub -5 h < cubegenpt.txt
where the argument 0 means using default amount of memory allocation for cubegen; potential
means calculating ESP; -5 means the points to be calculated are inputted by users manually or
redirected in from an external file (cubegenpt.txt in this case); h means the output file, namely
result.cub, will be a formatted plain text file. For more detail about cubegen utility please consult
Gaussian manual.
Return to the Multiwfn window and input the path of the cubegen output file result.txt,
Multiwfn will load the calculated ESP data from it and performs subsequent analysis as usual. You
will find that the result is almost exactly identical to that based on the ESP directly evaluated by
Multiwfn
以上是原文。我的问题是用红色标出来的console window是什么窗口？我在multiwfn窗口中输入："cubegen 0 potential 02klv_papC.fch result.cub -5 h < cubegenpt.txt",程序提示我“file cannot be found”。
我对这个例子的理解是：在另一个系统窗口（console window）下输入上述命令，以cubegenpt.txt为输入文件，用gaussian计算ESP，然后将计算结果导入multiwfn中。请问是这样一个过程吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-13 22:08
console就是指操作系统的基于命令行的控制台窗口，对于windows就是指DOS窗口，对于Linux就是指shell环境。输入了此命令系统就会调用gaussian目录下的cubegen产生result.cub文件。

作者
Author: huanyizhen 时间: 2015-1-14 09:10
谢谢sob老师

作者
Author: huanyizhen 时间: 2015-1-14 12:55

sobereva 发表于 2015-1-13 22:08
console就是指操作系统的基于命令行的控制台窗口，对于windows就是指DOS窗口，对于Linux就是指shell环境。 ...

sob老师您好：我已产生了result.cub文件，但是接着用multiwfn打开这个文件时，就会闪退，请问可能是什么问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-14 15:47
你用的是例子里的输入文件么？是的话，确保result.cub的路径在multiwfn里输入正确，如果不是，把你的输入文件连同操作步骤发上来我看看

作者
Author: huanyizhen 时间: 2015-1-14 18:45

sobereva 发表于 2015-1-14 15:47
你用的是例子里的输入文件么？是的话，确保result.cub的路径在multiwfn里输入正确，如果不是，把你的输入文 ...

使用的不是例子中的输入文件。我的输入文件是xxx.fch文件，xxx.fch文件是相应的gaussian输入文件经过优化和freq计算得到的.chk文件在LINUX下转化而来的。由于xxx.fch文件过大（约88MB），就不上传了。操作步骤如下：1、Boot up Multiwfn and input following commands-----------xxx.fch---------12----------5 ----------2 -------0,然后在当前文件夹下得到cubegenpt.txt文件（附件中）； 2、然后打开DOS窗口，进入到gaussian所带的cubegen程序所在的目录下，（手动将步骤1中得到的cubegenpt.txt文件和 xxx.fch文件复制到cubegen程序所在文件夹中）输入“cubegen 0 potential xxx.fch result.cub -5 h < cubegenpt.txt”命令，运算结束后，当前文件夹中得到result文件（附件中）；3、在multiwfn窗口中输入result文件(路径输入正确)，出现程序闪退问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-15 20:57
我看了你的文件，你得到的result.cub文件明显有问题，用文本编辑器打开，会看到本来应该是静电势的那些数据，在你的文件里全都是整数或者逗号。
我没有你的fch文件也不好测试，怀疑你的cubegen有问题。如果和产生fch不是来自同一高斯版本，应尽量确保一致。
cubegenpt.txt没有问题。

建议还是先把手册里的例子完整重复一遍，确保流程和程序没问题，再做你的体系。

作者
Author: huanyizhen 时间: 2015-1-16 10:34
好的我先把例子重复下谢谢sob老师麻烦您了

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)