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标题: 团簇原子移动标记问题 [打印本页]

作者
Author: my_aman 时间: 2017-5-31 09:59
标题: 团簇原子移动标记问题
本帖最后由 my_aman 于 2017-5-31 09:59 编辑

求助各位老师同学：我使用自己编写的程序产的团簇结构过程中，比如产生一个13原子的结构，现在想标记其中的3个原子，想探究三个原子经过局部优化后移动分别情况。但是在编程一直无法实现。现求助，在编程时应该怎么编写程序才能达到标记其中的原子呢？谢谢了。图为初始产生的结构

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Author: sobereva 时间: 2017-5-31 10:41
每步优化时输出coor里相应的3*i到3*i+2坐标不就行了？

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Author: my_aman 时间: 2017-5-31 17:28

sobereva 发表于 2017-5-31 10:41
每步优化时输出coor里相应的3*i到3*i+2坐标不就行了？

谢谢老师，不过我没明白。输出好像不能达到标记个别原子的作用呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-31 17:48
什么叫标记？给出了每一步坐标不就跟踪这个原子怎么动了
而且原子号码直接通过i已经体现了啊

作者
Author: my_aman 时间: 2017-5-31 19:32

sobereva 发表于 2017-5-31 17:48
什么叫标记？给出了每一步坐标不就跟踪这个原子怎么动了
而且原子号码直接通过i已经体现了啊

哦哦，老师的意思是每优化一次，然后就输出坐标看一下？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-1 06:31
我不清楚你的具体目的，如果就是想要看优化过程中某个原子的变化轨迹，就是每一步输出一次它的坐标，然后作成图就完了

作者
Author: my_aman 时间: 2017-6-1 08:33

sobereva 发表于 2017-6-1 06:31
我不清楚你的具体目的，如果就是想要看优化过程中某个原子的变化轨迹，就是每一步输出一次它的坐标，然后作 ...

谢谢老师，怪我没表述清楚。以后提问会说的详细些。

我说的标记的意思是比如：先产生13个A原子的结构，优化之前，先选择其中的3个原子标记为B (这里之所以使用B标记是为了用可视化软件打开后直观的就可以看到其原子的位置），然后再优化，之后就可以打开软件直接观看B原子的优化后的位置。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-1 08:55
每一步把所有原子坐标都输出成xyz文件，每一步结构作为一帧（xyz文件可以包含多帧）。然后用VMD载入，graphics-representation里建立个新的显眼的显示方式或颜色，选择的原子范围写上比如serial 2 3 8，然后这几个原子就高亮显示出来了。拖动进度条就可以看到优化过程中这三个原子怎么动的

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