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标题: 请问如何计算两个分子之间的范德华相互作用能呢？另外如何实现氢键能的计算呢？ [打印本页]

作者
Author: jase20 时间: 2017-5-27 23:40
标题: 请问如何计算两个分子之间的范德华相互作用能呢？另外如何实现氢键能的计算呢？
请问氢键能都包含了什么能量项在其中呢？再在gromacs下如何实现氢键能的计算？另外如何计算两分子的范德华相互作用能量随时间变化的数据呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-28 04:43
在主流的力场当中，氢键通过静电作用描述，所以你考察形成氢键的原子间的静电作用能，就可以考察氢键键能
mdp里把要考察的两个分子定义成energy groups，跑完之后在edr文件里就有它们之间的范德华作用能，用gmx energy提取出来即可

作者
Author: jase20 时间: 2017-5-28 09:48

sobereva 发表于 2017-5-28 04:43
在主流的力场当中，氢键通过静电作用描述，所以你考察形成氢键的原子间的静电作用能，就可以考察氢键键能
...

嗯，好的，我试试，谢谢sob老师。那如果是跑完的结果，在make_ndx的时候把两个组编成一组，然后用edr提取可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-28 12:43

jase20 发表于 2017-5-28 09:48
嗯，好的，我试试，谢谢sob老师。那如果是跑完的结果，在make_ndx的时候把两个组编成一组，然后用edr提取 ...

必须跑之前就定义好energy group（group通过make_ndx建立index文件来让gmx知道定义），这样跑的过程中才能把两个组之间的作用能记录到edr里，然后才能用gmx energy来从中提取作用能。
如果轨迹已经跑到，但当初没定义energy group，通常办法是基于重新生成的定义了energy group的tpr文件，把轨迹用mdrun带-rerun选项过一遍，这样得到的edr文件里也会有它们的相互作用能

作者
Author: jase20 时间: 2017-5-28 16:01

sobereva 发表于 2017-5-28 12:43
必须跑之前就定义好energy group（group通过make_ndx建立index文件来让gmx知道定义），这样跑的过程中 ...

谢谢sob老师的详细解答。辛苦了。

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