计算化学公社

标题: 提升GPU/GPU加速效率的辦法 [打印本页]

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-23 19:07
标题: 提升GPU/GPU加速效率的辦法
今天終於完成所有的安裝和設定並稍微試跑了一下
設備:
R7 1700X 超頻3.8GHz
華碩 Stirx GTX 1080Ti
美光 MX300 525GB
金士頓 FuryX DDR4-2400 8GB*2
作業系統 ubuntu 16.04.
Leadex Gold 750W

照Nvidia官方手冊安裝CUDA 8.0 內建N-body測試約 980 GFLOPs上下
使用Gromacs 2016.03.

試跑了一個體系約9萬原子的蛋白配體複合體MD
先前使用 i7-6700 無GPU加速估算效率是5ns/天
今天試跑100ps 估算效率是32ns/天
GPU/CPU evaluation time ratio=0.87 (極限表現應趨近於1)

因為是第一次使用GPU加速
想請教看看這樣的表現算是正常嗎?
以及有什麼方法能更加榨取性能呢(中間用監控軟體看CPU使用率9x% GPU圖形使用率6x% 6x度)

順便想問問看ubuntu有什麼方式能看CPU的頻率呢(有點擔心會有溫度過高降頻的問題
我只有找到監控CPU GPU溫度的而且還不能看CPU溫度(倒

謝謝

作者
Author: 五十八 时间: 2017-5-23 19:28
sensor 先sensor-detect 然后sensors....看温度(比如 watch -n 刷新时间 sensors)

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-23 19:34

五十八发表于 2017-5-23 19:28
sensor 先sensor-detect 然后sensors....看温度(比如 watch -n 刷新时间 sensors)

我裝lm-sensor和psensor有試過
不過跳出一堆感溫器可是讀不出(我都選yes)
估計又是AMD Ryzen和AM4主板太新的問題(倒地

作者
Author: 五十八 时间: 2017-5-23 19:45

HarrisLin 发表于 2017-5-23 19:34
我裝lm-sensor和psensor有試過
不過跳出一堆感溫器可是讀不出(我都選yes)
估計又是AMD Ryzen和AM4主板 ...

https://forums.gentoo.org/viewtopic-t-1057910-start-100.html

http://www.overclock.net/t/16241 ... club-4ghz-club/1770
好像温度监控确实的有问题的

作者
Author: k64_cc 时间: 2017-5-23 22:33
按我前段时间的经验……或许某次关机再开机之后就能检测到CPU温度探测器了。

以及效率不高完全就是CPU的锅，我的体系在跑的时候有66%的CPU Time都话在PME spread/gather上……然后效率低得感人

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-23 22:37

k64_cc 发表于 2017-5-23 22:33
按我前段时间的经验……或许某次关机再开机之后就能检测到CPU温度探测器了。

以及效率不高完全就是CPU的 ...

我發現我倒忘了可能是CPU性能極限的限制
不過這也是有限預算下最好的選擇了
E5 CPU和板子的價格又是另一個境界了

不過這樣看來
如果拿Ryzen R7系列
或許1080 甚至1070就夠用了

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-24 02:18
这配置，这体系32ns/day已经很好了

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-24 08:39

sobereva 发表于 2017-5-24 02:18
这配置，这体系32ns/day已经很好了

謝謝老師回答看來我不用繼續擔心有沒有安裝錯誤了
今天可能測個用真八核和假16核的差異

作者
Author: k64_cc 时间: 2017-5-24 08:58

HarrisLin 发表于 2017-5-23 22:37
我發現我倒忘了可能是CPU性能極限的限制
不過這也是有限預算下最好的選擇了
E5 CPU和板子的價格又是另 ...

然而1080TI显存那么大...不用多可惜。
去做深度学习吧，PyTorch挺好学的。

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-24 16:56

k64_cc 发表于 2017-5-24 08:58
然而1080TI显存那么大...不用多可惜。
去做深度学习吧，PyTorch挺好学的。

我是大學生物背景跑去化工研究所念電腦模擬小分子藥物開發
在跨去深度學習會不會歪太多了XD
而且碩班只有兩年啊~

作者
Author: k64_cc 时间: 2017-5-24 18:33

HarrisLin 发表于 2017-5-24 16:56
我是大學生物背景跑去化工研究所念電腦模擬小分子藥物開發
在跨去深度學習會不會歪太多了XD
而且碩班只 ...

那你竟然趁最贵的时候买1080TI……心疼你的钱包
深度学习嘛，晚上睡觉之前翻一翻文档就看完了。复习一章，学习一章，对睡眠很有好处的（笑）
其实QSAR和对接这边真的可以借鉴深度学习和CV的，反正现在也大多靠统计学，可靠性和DL也没差太多

（虽然我这个想法被做化学信息学的同学说是“拿着锤子看谁都像钉子”……

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-24 21:31
本帖最后由 HarrisLin 于 2017-5-24 21:33 编辑

k64_cc 发表于 2017-5-24 18:33
那你竟然趁最贵的时候买1080TI……心疼你的钱包
深度学习嘛，晚上睡觉之前翻一翻文档就看完了。复习一章 ...

用國家補助(稅金)買的不心疼XDDD
以前大學實驗室看過一小瓶藥劑就要一萬多台幣
這次買兩萬七台幣的顯卡感覺還好(價值觀已偏差

如果有空再去查查深度學習的東西
有推薦看什麼入門嗎?
雖然我可能很快就會睡著被踢出大門

作者
Author: meatball1982 时间: 2017-5-25 19:49

HarrisLin 发表于 2017-5-24 16:56
我是大學生物背景跑去化工研究所念電腦模擬小分子藥物開發
在跨去深度學習會不會歪太多了XD
而且碩班只 ...

应该不会，
总比那些本科数学，硕士系统工程，博士雷达，现在作些MD，还要引入深度学习的强些。

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