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标题: vmd是否可以生成.xyz坐标文件呢？ [打印本页]

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-5-19 10:32
标题: vmd是否可以生成.xyz坐标文件呢？
本帖最后由 15whyhq 于 2017-5-19 10:34 编辑

vmd是否可以生成.xyz坐标文件呢？需要vmd使用的介绍，谢谢！
https://www.cp2k.org/exercises:2 ... eb#refnotes:1:note3 这个链接里面的 f.xyz s.xyz ini.xyz 这些坐标文件是怎么得到的呢？谢谢!

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-19 10:40
pdb文件不就是坐标文件吗

作者
Author: Gratitude_zy 时间: 2017-5-19 11:04
VMD可以直接导出xyz格式的文件

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-19 15:46
file - save coordinate选xyz

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-5-19 17:07
这种很多金属CU表面上有个有机分子形成的构型，怎么画，怎么得到这些原子的坐标呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-19 17:45

15whyhq 发表于 2017-5-19 17:07
这种很多金属CU表面上有个有机分子形成的构型，怎么画，怎么得到这些原子的坐标呢？谢谢！

找点金属表面化学吸附的计算文章看看就有感觉了，坐标显然得优化

作者
Author: stecue 时间: 2017-5-20 12:01
你保存成pdb也没问题（如果不是更好），然后用openbabel转一下就好了。
obabel -ipdb XXX.pdb -oxyz XXX.xyz

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