计算化学公社

标题: 蛋白-配體MD後RMSD分析問題 [打印本页]

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-16 17:33
标题: 蛋白-配體MD後RMSD分析問題
各位前輩好
目前正在做蛋白配體MD後的數據分析
不過網路上的教學看完做了後有點困惑所以上來請教
網路上的教學只說兩次輸4看protein的backbone-backbone RMSD 做出來如下圖

目標是做出像圖a/b這樣蛋白-配體一起的骨架RMSD以及單獨配體骨架的RMSD

(, 下载次数 Times of downloads: 52)
目的是用來證明蛋白-配體的相對位置變化不會過大
因此目標的蛋白-配體間氫鍵能穩定生成發揮作用

(, 下载次数 Times of downloads: 43)
(MOL是我的配體)

那麼在Gromacs RMSD分析選單中第一次輸入和第二次輸入分別要怎麼選才能產生我所需的a/b兩圖?
還是我得先去研究如何建立蛋白配體骨架和配體骨架.ndx的方法讓他們出現在選單中?
因為google發現蛋白-配體MD分析和建立.ndx的詳細教學似乎很少或是我抓錯關鍵字
只好先上來請教了

謝謝

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-17 01:35
默认的组里面backbone和MOL分别对应蛋白骨架原子和配体所有原子，如果你要得到“骨架+配体”的RMSD，必须利用make_ndx工具生成一个把backbone和MOL合并的组，假设叫backbone_MOL。

RMSD分析界面第一个让你选择使轨迹对哪个组来消除平动和转动（即对哪个组做Align），第二个让你选择输出哪个组的RMSD。因此第一步选backbone_MOL，第二步时候，如果选backbone_MOL给出的就是蛋白质骨架+配体的RMSD，如果选MOL就是配体的RMSD。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)