标题: ABF中pmf拉的距离? [打印本页] 作者Author: xiaochenxi123 时间: 2017-5-10 11:21 标题: ABF中pmf拉的距离? 老师您好：
在namd中计算四磺酸基苯基铁卟啉与环糊精的pmf，首先四磺酸基苯基铁卟啉与环糊精相距一定位置，比方说以环糊精质心为中心原点（0 0 0），铁卟啉的磺酸基的S原子距离环糊精z轴-4A，然后拉铁卟啉的磺酸基的S原子进入环糊精空腔，在跑动力学时它的配置文件中cutoff值是14，那拉S原子从-4开始拉入环糊精到4A，那是不是还要从-4A往后推算倒-14A，整个距离是-14A到4A，-4A到4A是拉进去的，-4A到-14A是往后拉，就是从-4到-6，-6到-8，-8到-10，-10到-12，-12到-14，这样可以吗，导师说ABF都是拉进去的，没有往后退的，所以问问老师您，谢谢 作者Author: ruanyang 时间: 2017-5-10 12:53
A Tutorial on Adaptive Biasing Force Calculations in NAMD http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
这个教程你做过吗？如果做过的话，你就能理解了
或者是这个教程
Methods for calculating Potentials of Mean Force http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/作者Author: xiaochenxi123 时间: 2017-5-10 16:06 本帖最后由 xiaochenxi123 于 2017-5-10 16:08 编辑
错了 作者Author: xiaochenxi123 时间: 2017-5-10 16:07
ruanyang 发表于 2017-5-10 12:53
A Tutorial on Adaptive Biasing Force Calculations in NAMD
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials ...