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标题: 轨迹的PCA 2D plot呈圆环形，是怎么回事？ [打印本页]

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-4-27 21:34
标题: 轨迹的PCA 2D plot呈圆环形，是怎么回事？
本帖最后由霜晨月于 2017-12-23 16:29 编辑

如图，这是我对蛋白的某loop的PCA，PC1与PC2贡献差不多，而且在轨迹的后半部分波动非常剧烈。
最奇怪的是，PC1与PC2的2D plot呈一个圆环形，圆环中间根本没有点。
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请问，这种现象是怎么回事？有什么特殊意义吗？
谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-30 11:16
得具体观看结构、轨迹，以及PC矢量来考察
光从投影图上来看，只能说这两个PC之间有强烈的相关性，体系内存在某些特殊作用使得PC1和PC2上的运动方式彼此耦合，没法同时达到平均位置。可以进一步绘制成折线图，看看模拟过程中在投影图上的位置是怎么变化的，同时结合轨迹、PC矢量来考察其内在意义。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-4-30 22:19
谢谢sob老师，刚讲完课就来答疑，辛苦辛苦

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