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标题: Orca使用的一点心得！ [打印本页]

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Author: lao7 时间: 2015-1-4 14:34
标题: Orca使用的一点心得！
刚刚学会使用Orca, 碰到很多问题。总是来论坛询问，不能光索取，最近把碰到的问题和解决方法说一下，以便让后来人能够少走弯路：

1）Orca并行问题。OpenMPI软件并行安装妥当，examples测试没有问题，但实际运算时，多核心并行（偶尔不会）会出现报错，报错代码忘了。反复查询，重装，折腾，最后才确定是用户权限过低，建议su root, cd /home(进入用户文件夹), chmod 770 ABC，开放权限。故障就消除了（ABC是用户名）。
很多人谈到安装，orca安装过程，尤其是Openmpi这些支撑程序，很少谈到需要赋予其稍高的权力。

2）内存使用的问题。ORCA内存控制不像gaussion那么规范。你给他每个核心1g内存，实际上如果体系稍微大些，他自己擅自能多吃3倍的内存。楼主碰到过一次，40个原子，用了SWAP之后，花费了3天才优化完（也比Gaussian快，gaussian对弱力就算不动），不用SWAP，结果用了3小时。
楼主现在解决这一问题时，不控制内存（控制也是瞎控制），适当减少CPU运算核心数。结果证明，如果把内存限定在每个核心500M以下，基本就算不动了（不是绝对，原子个数少估计能行），卡在那里一天都不会动。当核心数减小到正合适时候，内存使用量最高（top命令查看），计算效率最高。目前的经验是64G内存的计算机，最多只能开到22个核心，20个核心最妥当。内存使用量50G多点。

谢谢SOB一直和我讨论。

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Author: jiangning198511 时间: 2015-1-4 20:51
ORCA的收敛做的没有G09好，有些体系用G09就收敛了而ORCA非常难收敛，一致在震荡。

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Author: lao7 时间: 2015-1-5 07:58
我是结合者用，大的晶体矿物用高斯，100个以下的有机分子用orca. 你说的情况我也遇到过，明明高斯gaussian b3lyp/6-31g*都收敛过的分子，用orca算，都不能收敛。反正总体来说，orca一是缺乏图view界面，二是就是你说的问题，不知道为什么。

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Author: sobereva 时间: 2015-1-5 09:35

lao7 发表于 2015-1-5 07:58
我是结合者用，大的晶体矿物用高斯，100个以下的有机分子用orca. 你说的情况我也遇到过，明明高斯gaussian ...

图形界面还好，产生的xyz（或几何优化的.trj）用VMD看很方便，轨道用Multiwfn看很方便。建模就用gview了。gabedit也支持orca（虽然gabedit的界面设计得实在很糟）。

与其说orca收敛烂，不如说Gaussian在收敛方面做得比较好，可调节选项也比较丰富。很多其它程序诸如GAMESS-US的收敛也一样明显不如Gaussian。（虽然不收敛的情况也很多，导致502错误成了周经性问题，甚至还有小白喷Gaussian这方面很糟）

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Author: rayinyin 时间: 2015-1-8 14:37
ORCA 3.0以后有了DFT和MP2的解析频率，但我使用的经验是它的解析频率不是很稳定，尤其是MP2的计算

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Author: rayinyin 时间: 2015-1-8 14:50
对于ORCA的MP2的计算如果需要频率的话，我一般都是用numfreq

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Author: lao7 时间: 2015-1-8 20:22
另一个帖子才讨论过，numfreq很慢，效果不是很好，egcp那个帖子

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Author: bomsaude 时间: 2015-1-8 20:39

sobereva 发表于 2015-1-5 09:35
图形界面还好，产生的xyz（或几何优化的.trj）用VMD看很方便，轨道用Multiwfn看很方便。建模就用gview ...

感觉Gabedit很不好用，主要是读入结构的时候出问题，有的文件可能格式不标准，不能读入，有时候读入了配合物的结构，但中心金属原子没有了，似乎是大的分子（如百八十个原子）读入结构时出问题，不知道大家是否有过类似的问题？

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Author: amani73986 时间: 2015-3-28 17:03
请问如何控制是否使用SWAP呢？我计算的一个50原子的体系，一个节点计算节点有8核心，24G内存，我输入的时候写% maxcore 2000，OPT都可以收敛，但是FREQ都会出错（如图），把内存加大，核心数减少之后，这个计算正在进行，OPT已经完成，freq已经计算到CP-SCF，越过了上次出错的位置，但是计算很慢。谢谢！

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Author: sobereva 时间: 2015-3-29 04:43

bomsaude 发表于 2015-1-8 20:39
感觉Gabedit很不好用，主要是读入结构的时候出问题，有的文件可能格式不标准，不能读入，有时候读入了配 ...

我讨厌gabedit的界面设计

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Author: sobereva 时间: 2015-3-29 04:47

amani73986 发表于 2015-3-28 17:03
请问如何控制是否使用SWAP呢？我计算的一个50原子的体系，一个节点计算节点有8核心，24G内存，我输入的时候 ...

算的时候用top看看是否已经写了swap。也可以看看硬盘灯或者用vmstat 3 -S M命令监视硬盘读写状态。

如果给程序分配的内存量大，特别是机子又有其它程序再跑消耗内存，则实际物理内存空余空间不够时若程序还要占用更多的内存就会用swap，这是自动的。

作者
Author: amani73986 时间: 2015-3-29 19:50

sobereva 发表于 2015-3-29 04:47
算的时候用top看看是否已经写了swap。也可以看看硬盘灯或者用vmstat 3 -S M命令监视硬盘读写状态。

如 ...

谢谢，SOB。

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Author: lao7 时间: 2015-3-30 10:44
本帖最后由 lao7 于 2015-3-30 10:59 编辑

一般情况下，能不使用swap就不要让计算机使用，太慢，很卡！orca是快了点，但总感觉对计算机硬件的控制太差劲。

作者
Author: amani73986 时间: 2015-3-30 12:52

lao7 发表于 2015-3-30 10:44
一般情况下，能不使用swap就不要让计算机使用，太慢，很卡！orca是快了点，但总感觉对计算机硬件的控制太差 ...

我最近在算的体系，用8核心跑Opt+freq，这个节点有24G内存，我用%maxcore 1000或者2000，opt都可以完成，但是freq都会报错，就是我上面传的图的错误，我检查系统日志时发现，任务内存最大峰值用了8G多，SWAP峰值9G（%maxcore 1000），并且日志中显示segmentation fault ，把内存加大到%maxcore 3000的时候，终于能正常算完了！但是任务内存最大峰值用了24G多，SWAP峰值26G，导致计算时间慢了好多！内存不够好坑啊.....

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Author: lao7 时间: 2015-4-1 08:41

amani73986 发表于 2015-3-30 12:52
我最近在算的体系，用8核心跑Opt+freq，这个节点有24G内存，我用%maxcore 1000或者2000，opt都可以完成， ...

orca缺少自动控制内存的机制，总是溢出。少了又报错，而且对于不同的体系，内存写法还要根据经验。

作者
Author: 郝玉蕾 时间: 2015-5-5 20:44

lao7 发表于 2015-1-5 07:58
我是结合者用，大的晶体矿物用高斯，100个以下的有机分子用orca. 你说的情况我也遇到过，明明高斯gaussian ...

哈喽，我想问一下你做大的晶矿物，高斯优化的话采用的是什么方法呢？我最近做钙钛矿团簇的优化，采用oniom模型，可是一直出现内坐标错误，不知道是不是layer选的不好~

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